La Universitat Pompeu Fabra i el Grup UPF organitzen i imparteixen una gran varietat de màsters universitaris en diferents modalitats. Així mateix, la UPF participa també en l'organització d'altres màsters interuniversitaris, coordinats per altres universitats.

Màsters de recerca Màsters professionalitzadors
Cervell i Cognició 
(Universitat Pompeu Fabra)		 Cercadors: Màrqueting Online, Posicionament, Community Manager i Content Curator (online)
(UPF Barcelona School of Management) 
Enginyeria Biomèdica Computacional
(Universitat Pompeu Fabra)		 UX: Usabilitat, Disseny d'Interacció i Experiència d'Usuari (online)
(UPF Barcelona School of Management) 
Sistemes Cognitius i Mèdia Interactius 
(Universitat Pompeu Fabra)
 		  
Sistemes Intel·ligents Interactius 
(Universitat Pompeu Fabra)
 		  
Tecnologies del So i de la Música 
(Universitat Pompeu Fabra)
 		  
Humanitats i Patrimoni Digitals
(Interuniversitari coordinat per la Universitat Autònoma de Barcelona)		  
Visió per Computador
(Interuniversitari coordinat per la Universitat Autònoma de Barcelona)