La Universitat Pompeu Fabra i el Grup UPF organitzen i imparteixen una gran varietat de màsters universitaris en diferents modalitats. Així mateix, la UPF participa també en l'organització d'altres màsters interuniversitaris, coordinats per altres universitats.
| Màsters de recerca | Màsters professionalitzadors |
| Cervell i Cognició (Universitat Pompeu Fabra) | Animació (UPF Barcelona School of Management) |
| Comunicacions Mòbils (Universitat Pompeu Fabra) | Cercadors: Màrqueting Online, Posicionament, Community Manager i Content Curator (online) (UPF Barcelona School of Management) |
| Enginyeria Biomèdica Computacional (Universitat Pompeu Fabra) | Documentació Digital (online) (UPF Barcelona School of Management) |
| Sistemes Cognitius i Mèdia Interactius (Universitat Pompeu Fabra) | Master of Science in Management (specialization in IT Management) (UPF Barcelona School of Management) |
| Sistemes Intel·ligents Interactius (Universitat Pompeu Fabra) | UX: Usabilitat, Disseny d'Interacció i Experiència d'Usuari (online) (UPF Barcelona School of Management) |
| Tecnologies del So i de la Música (Universitat Pompeu Fabra) | |
| Visió per Computador (Interuniversitari coordinat per la Universitat Autònoma de Barcelona) |