La Universitat Pompeu Fabra i el Grup UPF organitzen i imparteixen una gran varietat de màsters universitaris en diferents modalitats. Així mateix, la UPF participa també en l'organització d'altres màsters interuniversitaris, coordinats per altres universitats.

Màsters de recerca Màsters professionalitzadors
Cervell i Cognició 
(Universitat Pompeu Fabra)
Animació 
(UPF Barcelona School of Management) 
Comunicacions Mòbils 
(Universitat Pompeu Fabra)
Cercadors: Màrqueting Online, Posicionament, Community Manager i Content Curator (online) 
(UPF Barcelona School of Management) 
Enginyeria Biomèdica Computacional
(Universitat Pompeu Fabra)
 
Documentació Digital (online)  
(UPF Barcelona School of Management)
Sistemes Cognitius i Mèdia Interactius 
(Universitat Pompeu Fabra)
 
Master of Science in Management (specialization in IT Management)  
(UPF Barcelona School of Management) 
Sistemes Intel·ligents Interactius 
(Universitat Pompeu Fabra)
 
UX: Usabilitat, Disseny d'Interacció i Experiència d'Usuari (online)  
(UPF Barcelona School of Management) 
Tecnologies del So i de la Música 
(Universitat Pompeu Fabra)
 
 
Visió per Computador
(Interuniversitari coordinat per la Universitat Autònoma de Barcelona)