El 18 de juny de 1990 el Parlament va donar llum verda a la creació d'una nova universitat pública a Catalunya, la Universitat Pompeu Fabra, inspirada en els principis de llibertat, democràcia, justícia, igualtat, independència i pluralitat. Des dels seus inicis, aquesta institució acadèmica s'ha proposat dos grans objectius: formar professionals i ciutadans responsables i compromesos amb els valors del civisme i contribuir al desenvolupament de la recerca.

Les primeres classes de la UPF es van impartir el 8 d'octubre de 1990 a l'edifici Balmes, seu de l'antic Fòrum Vergés, on van assistir prop de tres-cents estudiants de les noves llicenciatures en Dret i en Ciències Econòmiques i Empresarials. Avui, a la UPF s'hi imparteixen estudis en tres àmbits de coneixement: les ciències socials i les humanitats, les ciències de la salut i de la vida, i les ciències de la comunicació i les tecnologies de la informació. Per realitzar aquesta activitat, la Universitat s'ha estructurat en set facultats, una Escola Superior Politècnica i vuit departaments. Paral·lelament, en els darrers anys també ha anat participant en un conjunt d'institucions i de centres especialitzats en docència, recerca i transferència, amb personalitat jurídica pròpia i que configuren el Grup UPF.

Paral·lelament, per tal de potenciar la transferència de coneixement i dotar de major visibilitat internacional la recerca que es realitza en el si dels departaments i dels instituts de recerca, la Universitat ha creat el Parc de Recerca UPF en els àmbits de les ciències socials i les humanitats, la comunicació i les tecnologies de la informació. El Parc de Recerca UPF, que desplega la seva activitat als campus de la Ciutadella i de Poblenou, es coordina amb el Parc de Recerca Biomèdica de Barcelona, ubicat al campus del Mar, en els àmbits de les ciències de la salut i de la vida.

Així, amb el desplegament d'aquests tres campus i parcs científics, en aquests anys la Universitat ha contribuït a la regeneració urbana d'alguns barris de Barcelona i a l'impuls de nous nodes de creació i transferència de coneixement. Exemples d'aquesta activitat els trobem, per exemple, en la rehabilitació del Dipòsit de les Aigües, avui seu de la Biblioteca, o de les antigues casernes militars del carrer Wellington, que ja allotgen la Barcelona Graduate School of Economics i la Fundació Pasqual Maragall (campus de la Ciutadella); passant per l'obertura al mar als anys noranta, amb els Jocs Olímpics i la recuperació de la Vila Olímpica (campus del Mar), o la recuperació de la fàbrica tèxtil de Ca l'Aranyó, al 22@, el districte de la innovació (campus del Poblenou). Tampoc convé oblidar l'edifici de la plaça de la Mercè, la seu del Rectorat, al cor de Ciutat Vella; l'edifici Born, que acull la Fundació UPF; o l'edifici Balmes, seu de la UPF Barcelona School of Management, entre d'altres.

Finalment, pel que fa al govern de la institució, el Dr. Enric Argullol fou rector de la UPF des dels seus inicis fins al juny del 2001. En finalitzar el seu mandat, el Claustre universitari va elegir la Dra. M. Rosa Virós, que restà al capdavant del govern de la Universitat fins al maig del 2005. A partir d'aleshores, i d'acord amb la legislació vigent, el càrrec de rector de la UPF seria elegit per la comunitat universitària mitjançant elecció directa i sufragi universal lliure i secret. El guanyador de les primeres eleccions, celebrades el maig del 2005, fou el Dr. Josep Joan Moreso, que seria reelegit el febrer del 2009. L'actual rector des de l'abril del 2013 és el Dr. Jaume Casals.