En el marc de la Facultat de Ciències de la Salut i de la Vida i del Departament de Ciències Experimentals i de la Salut, el 1998 la Universitat Pompeu Fabra va llançar de forma pionera una llicenciatura en Biologia clarament orientada cap a la Biologia Humana.

L'any 2008, la llicenciatura en Biologia es va adaptar per donar lloc al grau en Biologia Humana. El mateix any es va iniciar el grau en Medicina, que s’imparteix de manera conjunta per les universitats Pompeu Fabra i l'Autònoma de Barcelona i és el primer cas de grau interuniversitari a tot el país. L'any 2021 la Facultat ha iniciat el seu propi grau en Medicina. Avui, la Facultat de Ciències de la Salut i de la Vida acull els graus en Biologia Humana, Medicina, Medicina (UPF-UAB, en extinció), Enginyeria Biomèdica i Bioinformàtica, a més dels màsters propis: Recerca Biomèdica, Bioinformàtica per a les Ciències de la Salut, Indústria Farmacèutica i Biotecnologia, Laboratori d'Anàlisis Clíniques i Salut Pública, i el programa de doctorat en Biomedicina.

L'any 2022, per tal de reflectir d'una manera més acurada el nou grau en Medicina i la incorporació de nous membres, el Departament canvia el seu nom per Departament de Medicina i Ciències de la Vida.

D'altra banda, el creixement del Departament de Ciències Experimentals i de la Salut s'ha basat en el rigorós procés de selecció dels seus membres, molts dels quals són reclutats a través de convocatòries competitives com ICREA o Ramón y Cajal. La recerca desenvolupada al Departament li va valer el reconeixement, els anys 2015 i 2018, com a Unitat d'Excel·lència María de Maeztu pel Ministeri d'Economia i Competitivitat (MINECO).

L’any 2014, el premi Nobel de Fisiologia o Medicina Sydney Brenner va ser nomenat doctor honoris causa per la UPF a petició de la Facultat i del Departament.

Des dels seus inicis, el Departament i la Facultat han fet una aposta ferma per la integració de la recerca i la docència. Per això s'ha desenvolupat un projecte en el qual la recerca científica es troba present al llarg de tota la formació dels estudiants de grau, postgrau i doctorat. La culminació d'aquest projecte d'integració va arribar el 2016, amb la fusió del Departament i la Facultat en una única unitat de coordinació acadèmica que conserva el nom de Facultat de Ciències de la Salut i de la Vida. Aquest innovador sistema d'organització millora l'agilitat i la fluïdesa institucionals, i aporta una millora en l'eficàcia. Només d'aquesta manera es podran mantenir i superar els bons resultats obtinguts en docència i en recerca fins ara, i millorar la prestació dels serveis associats a les seves tres grans missions: docència, recerca i transferència.