Una nova eina bioinformàtica classifica els gens que provoquen tumors cancerígens
Tradicionalment, els gens de càncer es divideixen en gens supressors de tumors, com ara el gen TP53, que participen en el desenvolupament de tumors quan perden la seva funció, i els oncogens, com per exemple el BRAF, que quan s'activen de manera errònia poden transformar cèl·lules normals en cèl·lules tumorals. Distingir entre uns i altres tipus de gens és molt important per entendre com s'originen i evolucionen els tumors, per prendre decisions terapèutiques i per al desenvolupament de noves dianes farmacològiques.
Les eines bioinformàtiques de la sèrie Oncodrive tenen per objectiu identificar els gens implicats en el desenvolupament tumoral. La sèrie consta d'OncodriveFM i OncodriveCLUST, que identifiquen aquests gens a partir del patró de mutacions observat en tumors, i ara, s'afegeix OncodriveROLE que classifica els gens de càncer segons el tipus de mutacions que presenten, sigui per activació o per pèrdua de funció.
Michael P. Schroeder, primer signant del treball publicat a Bioinformatics aquest setembre, en col·laboració amb altres membres del laboratori de Genòmica Biomèdica que dirigeix Núria López Bigas, investigadora ICREA al Departament de Ciències Experimentals i de la Salut de la UPF, van desenvolupar un mètode capaç de classificar amb precisió els gens de càncer identificats en projectes de seqüenciació de tumors, segons aquests dos grups possibles de gens del càncer descrits anteriorment.
En aquest treball es van analitzar trenta propietats del patró d'alteració genòmica dels gens per identificar aquelles característiques que permeten distingir entre un grup i l'altre, i finalment, van combinar les propietats amb major poder discriminatori per crear un classificador. El resultat ha estat un nou mètode, l'OncodriveROLE, altament precís que està disponible a http://bg.upf.edu/oncodrive-role/, i que es descriu en detall en un treball publicat a Bioinformatics.
Aquest treball va ser seleccionat per presentació oral al Congrés Europeu de Biologia Computacional, que va tenir lloc a Estrasburg (França) del 7 al 10 de setembre.
Com ha comentat López-Bigas "el seguent pas serà incorporar OncodriveROLE a la plataforma IntOGen-mutations que identifica mutacions i gens claus en el desenvolupament del càncer a partir de l'anàlisi de milers de genomes de tumors".
Treball de referència:
Michael P. Schroeder, Carlota Rubio-Pérez, David Tamborero, Abel González-Pérez i Nuria López-Bigas (2014), " OncodriveROLE classifies cancer driver genes in loss of function and activating mode of action", Bioinformatics, vol 30, ECCB, pp. 1549-1555, doi: 10.1093/bioinformatics/btu467.
Altres e-notícies de recerca relacionades:
La revista Nature Genetics publica l'Atles Genòmic del CàncerDesxifrant el genoma dels tumors per avançar cap a la medicina personalitzada del càncer