Los consejos de gobierno del  19 de octubre y  23 de noviembre de  2011 aprobaron el reconocimiento de tres grupos de investigación de la UPF como Centros Específicos de Investigación (CER). Concretamente, son el Centro de Investigación en Salud Laboral (CISAL), el Centro de Cognición y Cerebro (CBC) y el Centro de Investigación y Especialización en Metodología de la Encuesta (RECSM).

Los CER son  entes singulares con  proyección externa propia que dependen del vicerrectorado de Política Científica. Son centros que cuentan con un grupo promotor de la UPF para llevar a cabo investigaciones y estudios en un determinado ámbito del conocimiento y que tienen un acuerdo de colaboración plurianual con una o más entidades externas que garantiza la financiación de su estructura, de modo que la Universidad no crea una estructura específica de administración y gestión para los CER, ni éstos tienen personalidad jurídica propia.

Los  requisitos que debe reunir un centro promotor para convertirse en CER son los siguientes:

Debe representar a un núcleo de investigación, ya sea interdepartamental, interuniversitario o en colaboración con otras entidades de investigación, de alta especialización, enmarcado en un ámbito de investigación de la UPF y liderado por un profesor con vinculación con la UPF.

Debe contar con financiación externa no vinculada a convocatorias competitivas de ayudas para la puesta en marcha, la consolidación o el mantenimiento de la estructura del centro.

Debe tener como función principal la atención a la demanda de entidades públicas o privadas externas en unos campos específicos de investigación; y, finalmente,

Debe requerir una gestión específica y una proyección externa singularizada.

El Centro de Investigación en Salud Laboral (CISAL) fue creado en 2009 mediante un convenio entre la  UPF,  Corporación Mutua y el Instituto Sindical de Trabajo, Ambiente y Salud (ISTAS), con el objetivo principal de convertirse en un centro de referencia nacional e internacional en esta materia tanto para los trabajadores como para las empresas. Está dirigido por  Fernando García-Benavides, catedrático de universidad del  CEXS-UPF.

El  Centro de Cognición y Cerebro trabaja para convertirse en un referente internacional de gran influencia de excelencia científica en lo que se refiere a la interacción entre la cognición y el cerebro, tanto en el ámbito científico como en el ámbito social, avanzando en la comprensión de cómo influye la experiencia en la función y la estructura del cerebro a través de la investigación computacional y experimental. Está formado por los siguientes grupos de investigación:  CNS (Computational Neuroscience Group), MRG (Multimodal Research Group),  SAP (Speech Acquisition and Perception),  SPB (Speech Production and Bilingualism) y  RICO (Reasoning and Infant Cognition). Lo dirige Gustavo Deco, investigador ICREA y catedrático del  DTIC.

El  Centro de Investigación y Especialización en Metodología de la Encuesta (RECSM) lleva a cabo investigación fundamental en el diseño del cuestionario, la evaluación de preguntas de la encuesta, las estrategias de trabajo de campo y de supervisión, los efectos del entrevistador, y el análisis de datos, entre otros temas. Además, ofrece el asesoramiento de expertos en investigación de la encuesta para investigadores académicos, gubernamentales y comerciales que lo necesiten. El director del RECSM es  Mariano Torcal, catedrático de universidad del Departamento de Ciencias Políticas y Sociales (CPIS) de la UPF.