El Consell Interuniversitari de Catalunya s'estructura en òrgans unipersonals i en òrgans col·legiats.

Els òrgans unipersonals són el/la president/a, el/la vicepresident/a i el/la secretari/ària general, i els òrgans col·legiats són la Conferència General i la Junta, i el Consell actua de conformitat amb els seus acords i propostes.

La Conferència General es reuneix, com a mínim, dos cops cada curs acadèmic. També pot reunir-se amb caràcter extraordinari si així ho decideix la Presidència o almenys un terç dels membres de la Conferència.

El Consell també es pot organitzar en comissions. Aquestes comissions informen i assessoren la Conferència General i la Junta pel que fa a qüestions relatives a l'activitat acadèmica o a aspectes concrets d'interès general del sistema universitari. Actualment el Consell s'organitza en diferents comissions de les quals els estudiants de la universitat tenen representació en algunes.

El representant al CIC, en virtut dels Estatuts de la UPF, és escollit pel Consell de Govern de la UPF i exerceix les seves funcions en representació d'aquest.

L'aprovació dels nous Estatuts adaptats a la Llei Orgànica del Sistema Universitari (LOSU) modificarà aquesta disposició, però actualment la LOSU permet aquest sistema en virtut d'una disposició transitòria.