Robert Castelo, profesor del Departamento de Medicina y Ciencias de la Vida (MELIS) de la Universidad Pompeu Fabra, ha obtenido 150.000 dólares de financiación de la Inciativa Chan Zuckerberg (Chan Zuckerberg Initiative, CZI), una organización filantrópica de apoyo a la ciencia y la educación que, a través del programa Essential Open Source Software for Science (EOSS), financia proyectos de software de código abierto útiles para la investigación biomédica.

"Hoy en día, el software de código abierto se ha convertido en un ingrediente vital para el desarrollo de muchas áreas de la ciencia", explica Castelo. "Sin embargo, a pesar de su utilidad y de facilitar el avance científico en todas las partes del mundo, el crecimiento y mantenimiento del software de código abierto recibe muy poco apoyo financiero. En este sentido, el programa EOSS del CZI es una valiosa excepción".

Robert Castelo: "Hoy en día, el software de código abierto se ha convertido en un ingrediente vital para el desarrollo de muchas áreas de la ciencia"

Esta opinión es compartida por el CZI, que considera que "a pesar de su importancia, la mayor parte del software de código abierto está infravalorado y carece de financiación para el mantenimiento, el crecimiento, el desarrollo y el compromiso de la comunidad, especialmente después de su fase inicial", explican en su web.

Junto con Justin Guinney, investigador principal de Tempus Labs, Inc. y profesor asociado afiliado de la Universidad de Washington (EE.UU.), y Sonja Hänzelmann, estudiante de doctorado de la UPF, Castelo desarrolló en 2013 la primera versión del software de código abierto GSVA "Gene Set Variation Analysis for microarrays and RNA-seq data" como parte del proyecto Bioconductor de software en biología. Bioconductor es un proyecto de código abierto financiado por el Instituto Nacional de Investigación del Genoma Humano (NHGRI) de Estados Unidos, que proporciona acceso a software para el análisis y la comprensión de datos genómicos de alto rendimiento.

GSVA reduce los datos de las concentraciones moleculares de genes o proteínas, a nivel de lo que se conoce como rutas moleculares. El resultado permite analizar estos datos en términos de rutas moleculares con múltiples aplicaciones en otras tareas analíticas, como el cálculo de puntuaciones de infiltración del sistema inmune o la deconvolución de tipos celulares, que son habituales en la investigación, por ejemplo, para entender mejor el microambiente del cáncer o su respuesta a la inmunoterapia.

Esta versatilidad del software ha hecho que, desde su primera publicación, acumule más de 200.000 descargas y que el artículo que lo describe, según Google Scholar, haya recibido más de 4.000 citas. En el proyecto financiado por el CZI también participarán Justin Guinney y Beatriz Calvo, estudiante de doctorado que actualmente forma parte del equipo de Castelo.

"Sin embargo, su éxito hace necesario el desarrollo de una actualización del software, con el fin de analizar los datos moleculares producidos por las tecnologías de perfilado unicelular, aumentar su robustez y eficiencia, y mejorar la documentación. El apoyo del CZI nos permitirá, entre otras cosas, contratar a un ingeniero de software de investigación que nos ayude en estas tareas", continúa Castelo.

Acerca de la Iniciativa Chan Zuckerberg

La Chan Zuckerberg Initiative (CZI) se fundó en 2015 para ayudar a resolver algunos de los retos más difíciles de la sociedad, desde erradicar enfermedades y mejorar la educación hasta atender las necesidades de nuestras comunidades. Mediante la colaboración, proporcionando recursos y construyendo tecnología, su misión es ayudar a construir un futuro más inclusivo, justo y saludable para todos.