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Impulso al ‘machine learning’ para acelerar la investigación proteómica

Impulso al ‘machine learning’ para acelerar la investigación proteómica

Once socios europeos iniciarán un nuevo programa para formar una nueva generación de investigadores con las últimas habilidades de aprendizaje automático y visualización de datos para impulsar este campo de investigación en expansión.

22.12.2020

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Una nueva generación de equipos de investigación se formará en habilidades computacionales, incluidas las nuevas técnicas de visualización de datos y ‘machine learning’ – el aprendizaje automático de máquinas – de vanguardia. El programa que lo hará posible impulsará el estudio de proteínas en los organismos vivos.

Las proteínas son los componentes básicos de la vida, que dan estructura a las células, catalizan reacciones a través de enzimas o combaten infecciones mediante anticuerpos. El estudio del conjunto de proteínas de la célula es conocido como el proteoma celular. La resolución de sus interacciones y dinámicas juega un papel vital en el diagnóstico de enfermedades humanas, así como en el desarrollo de nuevos tratamientos para afecciones tan variadas como la demencia o el cáncer.

Gracias a los rápidos avances en el aprendizaje automático y la visualización de datos, los equipos de investigación tienen ahora una oportunidad sin precedentes para extraer grandes conjuntos de datos que les permitan comprender el proteoma y su interacción con los genes subyacentes. Los nuevos algoritmos de procesamiento pueden revelar estructuras ocultas, interacciones y modificaciones de proteínas, mientras que las herramientas interactivas y altamente visuales abren nuevas posibilidades experimentales gracias a la integración y presentación de datos proteómicos con otra información molecular.

Onze institutos de investigación europeos, pequeñas empresas y socios industriales, iniciarán un nuevo programa para formar a una nueva generación de equipos de investigación sobre los recursos más novedosos en aprendizaje automático y visualización de datos para impulsar este floreciente campo de investigación.

Los estudiantes de doctorado inscritos en este programa también adquirirán otras habilidades técnicas transferibles relacionadas con la espectrometría de masas, el procesamiento de datos, la comunicación científica, la gestión de datos y la investigación e innovación responsables.

El consorcio internacional estará liderado por Eduard Sabidó, responsable de la Unidad de Proteómica del CRG y la Universitat Pompeu Fabra (UPF), y recibirá 4 millones de euros para iniciar el programa en enero de 2021.

Sabidó, científico responsable del programa de formación afirma que “en PROTrEIN hemos elaborado un ambicioso programa científico y formativo para abordar los retos de la investigación proteómica y la formación de investigadores computacionales altamente valorados”.

Sergi Beltran, jefe de la Unidad de Bioinformática y del Equipo de Análisis de Datos del Centro Nacional de Análisis Genómico (CNAG-CRG), y líder de uno de los proyectos comenta que “esta ITN contribuirá al avance científico y técnico del campo a la vez que ofrece un marco de formación. También tendrá un retorno directo a la sociedad, ya que nuestro objetivo es ayudar con el diagnóstico de algunos pacientes con enfermedades raras.”

El programa, denominado PROTrEIN, está financiado por las redes de formación innovadora Marie Skłodowska-Curie (ITN, por sus siglas en inglés), y es una ayuda competitiva parte del programa de investigación Horizonte 2020 de la Unión Europea. Las ITN reúnen a universidades, institutos de investigación y otros sectores por todo el mundo para formar investigadores a nivel de doctorado. En esta convocatoria se financiarán un total de 114 proyectos, que tuvieron una tasa de éxito del 8,9%.

PROTrEIN abre hoy una convocatoria para reclutar a 15 estudiantes de doctorado en laboratorios ubicados en España, Francia, Dinamarca, Alemania, Bélgica, Austria y Finlandia. Los candidatos pueden ser de cualquier nacionalidad, pero deben cumplir con los requisitos de elegibilidad para el programa MSCA-ITN. La convocatoria está abierta hasta el 31 de enero de 2021 y la solicitud solo puede realizarse a través del formulario de solicitud de PROTrEIN.

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