Reorganitzacions del Genoma Humà i Susceptibilitat a Malaltia
El genoma presenta un comportament dinàmic, els seus continguts es reorganitzen dintre d'un procés "d'edició" que desemboca en canvis susceptibles de esser heretats. Aquest canvis poden tenir conseqüencies funcionals, algunes de les quals estan a la base de certes malalties. Malgrat molts d'aquests canvis poden semblar originats per mecanismes atzarosos hi han característiques del genoma que els fan més probables en certes regions. La presència de duplicacions segmentàries (DSs) és un dels mecanismes que poden propiciar canvis a la seqüencia del genoma.
Les DSs inclouen prop del 5% del genoma humà, semblen haver tingut un important paper evolutiu (innovació gènica, evolució cromosòmica, especiació) i predisposen el nostre genoma a patir reorganitzacions recurrents (com ara les implicades a la deleció del WBS). A més a més, les DSs poden contribuir a la variabilitat humana pel seu paper en la generació de polimorfismes de número de còpia (CNVs). Hem portat a terme estudis evolutius d'una regió model de 7q enriquida en DSs, fent servir les dades disponibles de primats i altres mamífers. Les nostres dades demostren la gran plasticitat evolutiva i suggereixen un mecanisme per a la generació i evolució de les DSs als primats que es basaria en la la transposició duplicativa implicant a Alu i recombinació homòloga no al·lèlica (Antonell Genome-Res 2005). Actualment estem definint les taxes de conversió gènica mediades per les DSs a les mateixes regions. També hem participat a la caracterització clínica i molecular d'una nova síndrome provocada per la duplicació del locus de la WBS, associada amb una greu apraxia del desenvolupament del llenguatge (Somerville NEJM, 2005).
Hem optimitzat l'ús intern de la tecnologia de Hibridació Genòmica Comparada sobre microarrays (a-CGH) amb el disseny i la producció de diversos chips per a la recerca i les aplicacions clíniques. Amb l'anàlisi de múltiples casos control, pacients d'autisme, retràs mental, malformacions congènites i altres síndromes, aquest a-CGH s'ha demostrat com a molt eficient per a la detecció de reorganitzacions patogèniques i de CNVs. També hem desenvolupat assajos cost eficients basats en la tecnologia de MLPA per poder analitzar de múltiples CNVs de forma simultània, que pugin afectar gens de còpia única, tecnologia que s'està aplicant a estudis d'associació per diverses malalties (mental, autoimmunitàries o càncer).
Hem generat una companyia Spinoff (Qgenomics: en col·laboració amb investigadors del CRG) per comercialitzar els reactius generats per les seves aplicacions clíniques. Aquesta companyia rebut diversos premis per la seva idea de negoci i el seu pla d'empresa. Recentment hem rebut finançament per portar a terme l'estudi de cost eficiència de la tecnologia de a-CGH desenvolupada per Qgenomics, utilitzada pel diagnòstic prenatal als dos hospitals més grans d'Espanya.