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2026 (3)

Ricci L.; Heidrich V.; Puncochar M.; Armanini F.; Ciciani M.; Nabinejad A.; Fazaeli F.; Piperni E.; Servais C.; Pinto F.; Valles-Colomer M.; Asnicar F.; Segata N.. Baby-to-baby strain transmission shapes the developing gut microbiome. Nature 2026; 651(8104): 191-200.

Manghi P.; Antonello G.; Schiffer L.; Golzato D.; Wokaty A.; Beghini F.; Mirzayi C.; Long K.; Gravel-Pucillo K.; Piccinno G.; Gamboa-Tuz S.D.; Bonetti A.; D¿Amato G.; Azhar R.; Eckenrode K.; Zohra F.; Giunchiglia V.; Keller M.; Pedrotti A.; Likhotkin I.; Elsafoury S.; Geistlinger L.; Blanco-Miguez A.; Thomas A.M.; Zolfo M.; Ramos M.; Valles-Colomer M.; Tamburini S.; Asnicar F.; Jones H.E.; Huttenhower C.; Carey V.; Davis S.; Pasolli E.; Oh S.; Segata N.; Waldron L.. Meta-analysis of 22,710 human microbiome metagenomes defines an oral-to-gut microbial enrichment score and associations with host health and disease. Nature Communications 2026; 17(1): .

Pettersen V.K.; Ponsero A.J.; Jian C.; Riumin A.; Kurilshikov A.; Moyo S.J.; Justine M.; Klingenberg C.; Debelius J.; Valles-Colomer M.; Noordzij H.T.; Zhernakova A.; Korpela K.; Esteban-Torres M.; Brusselaers N.. Off to a good start: current gaps and priorities in early-life microbiome research. FEMS Microbiology Reviews 2026; 50(0): .

2025 (9)

Rakoff-Nahoum S.; Debelius J.; Valles-Colomer M.; Noordzij H.T.; Esteban-Torres M.; Zhernakova A.; Brusselaers N.; Pettersen V.K.. A reconceptualized framework for human microbiome transmission in early life. Nature Communications 2025; 16(1): .

Flores Ventura E.; Esteban-Torres M.; Gueimonde M.; van Sinderen D.; Koren O.; Hall L.J.; Segata N.; Valles-Colomer M.; Collado M.C.. Mother-to-infant vertical transmission in early life: a systematic review and proportional meta-analysis of Bifidobacterium strain transmissibility. npj Biofilms and Microbiomes 2025; 11(1): .

Kelliher J.M.; Mirzayi C.; Bordenstein S.R.; Oliver A.; Kellogg C.A.; Hatcher E.L.; Berg M.; Baldrian P.; Aljumaah M.; Miller C.M.L.; Mungall C.; Novak V.; Palucki A.; Smith E.; Tabassum N.; Bonito G.; Brister J.R.; Chain P.S.G.; Chen M.; Degregori S.; Dundore-Arias J.P.; Emerson J.B.; Moreira C. Fernandes V.; Flores R.; Gonzalez A.; Hansen Z.A.; Jackson S.A.; Moustafa A.M.; Northen T.R.; Pariente N.; Pett-Ridge J.; Record S.; Reji L.; Reysenbach A.L.; Rich V.I.; Richardson L.; Roux S.; Schriml L.M.; Shabman R.S.; Sierra M.A.; Sullivan M.B.; Sundaramurthy P.; Thibault K.M.; Thompson L.R.; Tighe S.; Vereen E.; Burcham Z.M.; Yeoh Y.K.; Zhang Y.; You Y.; Peng X.; Liu X.J.A.; Anthony W.E.; Nelson W.; Boulton W.; Hervey W.J.; Myers T.; Mock T.; Nelson T.M.; Woyke T.; Chen S.; Hodgkins S.; Brawley S.H.; Mundra S.; Yarwood S.A.; Tsola S.L.; Couvillion S.; Jensen S.; Moxon S.; Roesemann S.; Sanchez-Carrillo S.; Baranzini S.E.; Oh S.; Jungbluth S.P.; Finks S.S.; Garcia S.L.; Jackrel S.L.; Miller S.N.; ¿Anolani Alegado R.; Wilhelm R.C.; Gruninger R.J.; Knight R.; White R.A.; Mondav R.; Corrêa dos Santos R.A.; Longley R.; Saho R.; Reiss R.A.; Handakumbura P.P.; Sengupta P.; Junier P.; Pope P.B.; Pjevac P.; Turnbaugh P.J.; Cotter P.D.; Eyice O.; Youssef N.H.; Segata N.; Kriefall N.G.; Brereton N.J.B.; Tas N.; Varona N.; Elshahed M.S.; Smith M.; Elmassry M.M.; Seyoum M.M.; Valles-Colomer M.; Allen M.A.; Poulsen M.; Howard M.; Cregger M.A.; Kellom M.; Grisnik M.; Miller M.A.; McCauley M.; Kroeger M.; Lozada M.; Pachiadaki M.; Barbero M.D.R.; Van Goethem M.W.; Dave M.; Muniesa M.; Rodriguez-Rubio L.; Karstens L.; Zhao L.; Caesar L.; Waldron L.; Camuy-Velez L.A.; McCue L.A.; Lemos L.N.; Johnson L.; Ward L.M.; Jain K.R.; Peach K.; Ryon K.A.; Myers K.S.; Yanuka-Golub K.; Pham K.; Goodwin K.; McMahon K.D.; Raman K.; Anantharaman K.; Prime K.J.; Debelius J.; Van Wyk J.; Watts J.; Sykes B.E.; Neufeld J.D.; Balcazar J.L.; Mazza Rodrigues J.L.; Bisanz J.E.; Klassen J.L.; Krause J.R.; Swift J.F.; Setubal J.C.; Guo J.; Mercado-Blanco J.; Kimbrel J.; Puig J.; Rothman J.A.; Hariharan J.; Henriksen J.R.; Daniels J.; Gilbert J.A.; Saunders J.; Oduwole I.; Keenum I.; Forteza I.; Bik H.M.; Cadillo-Quiroz H.; Bolivar-Torres H.H.; Skeen H.R.; Ehau-Taumaunu H.; Iraola G.; Pold G.; Trubl G.; Canto-Encalada G.; Schulz F.; Bak F.; Artz F.; Dini-Andreote F.; Rodriguez F.E.; Asnicar F.; Lauro F.M.; Ganda E.; Young E.; Cavanna E.; St. John E.; Davenport E.R.; Wissel E.F.; Graham E.B.; Skoog E.J.; Chisari E.; Barnhart E.; Wood-Charlson E.; Kuhn E.V.; Pasolli E.; Kiledal E.A.; Jaiswal D.K.; Parks D.H.; Walker D.M.; Merges D.; Coleman-Derr D.; Metze D.; Zhang D.J.; Schachtman D.P.; Sprockett D.D.; McDonald D.; Taylor D.L.; Huttenhower C.; Cecilia C.M.; Zuniga C.; Herbold C.W.; Ouzounis C.; Schadt C.; Hunter C.; Moissl-Eichinger C.; Quiroga C.H.; Robinson C.; Pan C.; Ettinger C.L.; Wolz C.M.; Hanson B.T.; Chalifour B.; Hedlund B.P.; Tierney B.T.; Chassaing B.; Hausmann B.; Kumar B.; Dutta A.; Chauhan A.; Anand A.; Bremges A.; Araujo Serrao de Andrade A.; Lapidus A.; Murray A.; Buchan A.; Clum A.; McHardy A.C.; Navid A.; Probst A.J.; De Santiago A.; Shibl A.A.; Vigneron A.; Oladipupo A.A.; Sare A.R.; Robinson A.; Eloe-Fadrosh E.A.. STREAMS guidelines: standards for technical reporting in environmental and host-associated microbiome studies. Nature Microbiology 2025; 10(12): 3059-3068.

Caminero A.; Tropini C.; Valles-Colomer M.; Shung D.L.; Gibbons S.M.; Surette M.G.; Sokol H.; Tomeo N.J.; Clark M.; Nguyen L.H.; Pimentel M.; Reyes Muñoz A.; Ranallo R.; Loomba R.; Kashyup P.; Hecht A.L.; Holtz L.R.; Hoffmann D.E.; Grinspan A.; Di Rienzi S.C.; Awoniyi M.; Alenghat T.; Tarr P.I.; Verdu E.F.. Credible inferences in microbiome research: ensuring rigour, reproducibility and relevance in the era of AI. Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology 2025; 22(11): 788-803.

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Andreu-Sanchez S.; Blanco-Miguez A.; Wang D.; Golzato D.; Manghi P.; Heidrich V.; Fackelmann G.; Zhernakova D.V.; Kurilshikov A.; Valles-Colomer M.; Weersma R.K.; Zhernakova A.; Fu J.; Segata N.. Global genetic diversity of human gut microbiome species is related to geographic location and host health. Cell 2025; 188(15): 3942-59.

Bargheet A.; Noordzij H.T.; Ponsero A.J.; Jian C.; Korpela K.; Valles-Colomer M.; Debelius J.; Kurilshikov A.; Pettersen V.K.. Dynamics of gut resistome and mobilome in early life: a meta-analysis. eBioMedicine 2025; 114: .

Porcari S.; Mullish B.H.; Asnicar F.; Ng S.C.; Zhao L.; Hansen R.; O'Toole P.W.; Raes J.; Hold G.; Putignani L.; Hvas C.L.; Zeller G.; Koren O.; Tun H.; Valles-Colomer M.; Collado M.C.; Fischer M.; Allegretti J.; Iqbal T.; Chassaing B.; Keller J.; Baunwall S.M.; Abreu M.; Barbara G.; Zhang F.; Ponziani F.R.; Costello S.P.; Paramsothy S.; Kao D.; Kelly C.; Kupcinskas J.; Youngster I.; Franceschi F.; Khanna S.; Vehreschild M.; Link A.; De Maio F.; Pasolli E.; Miguez A.B.; Brigidi P.; Posteraro B.; Scaldaferri F.; Stojanovic M.R.; Megraud F.; Malfertheiner P.; Masucci L.; Arumugam M.; Kaakoush N.; Segal E.; Bajaj J.; Leong R.; Cryan J.; Weersma R.K.; Knight R.; Guarner F.; Shanahan F.; Cani P.D.; Elinav E.; Sanguinetti M.; de Vos W.M.; El-Omar E.; Dore J.; Marchesi J.; Tilg H.; Sokol H.; Segata N.; Cammarota G.; Gasbarrini A.; Ianiro G.. International consensus statement on microbiome testing in clinical practice. The Lancet Gastroenterology and Hepatology 2025; 10(2): 154-67.

Labisa-Morais F.; Valente D.; Blanco-Miguez A.; Manghi P.; Garcia-Valiente A.; Andriamaniraka H.; Armanini F.; Asnicar F.; De Gregorio C.; Golzato D.; Manara S.; Modesto M.; Piperni E.; Pun¿ocha¿ M.; Scarafile D.; Torti V.; Borruso L.; Mattarelli P.; Giacoma C.; Sandri C.; Spiezio C.; Segata N.; Valles-Colomer M.. Bacterial transmission within social groups shapes the underexplored gut microbiome in the lemur Indri indri. ISME Journal 2025; 19(1): .

2024 (8)

Manghi P.; Bhosle A.; Wang K.; Marconi R.; Selma-Royo M.; Ricci L.; Asnicar F.; Golzato D.; Ma W.; Hang D.; Thompson K.N.; Franzosa E.A.; Nabinejad A.; Tamburini S.; Rimm E.B.; Garrett W.S.; Sun Q.; Chan A.T.; Valles-Colomer M.; Arumugam M.; Bermingham K.M.; Giordano F.; Davies R.; Hadjigeorgiou G.; Wolf J.; Strowig T.; Berry S.E.; Huttenhower C.; Spector T.D.; Segata N.; Song M.. Coffee consumption is associated with intestinal Lawsonibacter asaccharolyticus abundance and prevalence across multiple cohorts. Nature Microbiology 2024; 9(12): 3120-3134.

Manghi P.; Filosi M.; Zolfo M.; Casten L.G.; Garcia-Valiente A.; Mattevi S.; Heidrich V.; Golzato D.; Perini S.; Thomas A.M.; Montalbano S.; Cancellieri S.; Waldron L.; Hall J.B.; Xu S.; Volfovsky N.; Green Snyder L.A.; Feliciano P.; Asnicar F.; Valles-Colomer M.; Michaelson J.J.; Segata N.; Domenici E.. Large-scale metagenomic analysis of oral microbiomes reveals markers for autism spectrum disorders. Nature Communications 2024; 15(1): .

Piperni E.; Nguyen L.H.; Manghi P.; Kim H.; Pasolli E.; Andreu-Sanchez S.; Arre A.; Bermingham K.M.; Blanco-Miguez A.; Manara S.; Valles-Colomer M.; Bakker E.; Busonero F.; Davies R.; Fiorillo E.; Giordano F.; Hadjigeorgiou G.; Leeming E.R.; Lobina M.; Masala M.; Maschio A.; McIver L.J.; Pala M.; Pitzalis M.; Wolf J.; Fu J.; Zhernakova A.; Caccio S.M.; Cucca F.; Berry S.E.; Ercolini D.; Chan A.T.; Huttenhower C.; Spector T.D.; Segata N.; Asnicar F.. Intestinal Blastocystis is linked to healthier diets and more favorable cardiometabolic outcomes in 56,989 individuals from 32 countries. Cell 2024; 187(17): 4554-4570.

Selma-Royo M.; Dubois L.; Manara S.; Armanini F.; Cabrera-Rubio R.; Valles-Colomer M.; Gonzalez S.; Parra-Llorca A.; Escuriet R.; Bode L.; Martinez-Costa C.; Segata N.; Collado M.C.. Birthmode and environment-dependent microbiota transmission dynamics are complemented by breastfeeding during the first year. Cell Host and Microbe 2024; 32(6): 996-1010.

Dubois L.; Valles-Colomer M.; Ponsero A.; Helve O.; Andersson S.; Kolho K.L.; Asnicar F.; Korpela K.; Salonen A.; Segata N.; de Vos W.M.. Paternal and induced gut microbiota seeding complement mother-to-infant transmission. Cell Host and Microbe 2024; 32(6): 1011-24.

Huang K.D.; Amend L.; Galvez E.J.C.; Lesker T.R.; de Oliveira R.; Bielecka A.; Blanco-Miguez A.; Valles-Colomer M.; Ruf I.; Pasolli E.; Buer J.; Segata N.; Esser S.; Strowig T.; Kehrmann J.. Establishment of a non-Westernized gut microbiota in men who have sex with men is associated with sexual practices. Cell Reports 2024; 5(3): .

Sarkar A.; McInroy C.J.A.; Harty S.; Raulo A.; Ibata N.G.O.; Valles-Colomer M.; Johnson K.V.A.; Brito I.L.; Henrich J.; Archie E.A.; Barreiro L.B.; Gazzaniga F.S.; Finlay B.B.; Koonin E.V.; Carmody R.N.; Moeller A.H.. Microbial transmission in the social microbiome and host health and disease. Cell 2024; 187(1): 17-43.

Valles-Colomer M.; Manghi P.; Cumbo F.; Masetti G.; Armanini F.; Asnicar F.; Blanco-Miguez A.; Pinto F.; Pun¿ocha¿ M.; Garaventa A.; Amoroso L.; Ponzoni M.; Corrias M.V.; Segata N.. Neuroblastoma is associated with alterations in gut microbiome composition subsequent to maternal microbial seeding. eBioMedicine 2024; 99: .