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2025 (9)

Rakoff-Nahoum S.; Debelius J.; Valles-Colomer M.; Noordzij H.T.; Esteban-Torres M.; Zhernakova A.; Brusselaers N.; Pettersen V.K.. A reconceptualized framework for human microbiome transmission in early life. Nature Communications 2025; 16(1): .

Flores Ventura E.; Esteban-Torres M.; Gueimonde M.; van Sinderen D.; Koren O.; Hall L.J.; Segata N.; Valles-Colomer M.; Collado M.C.. Mother-to-infant vertical transmission in early life: a systematic review and proportional meta-analysis of Bifidobacterium strain transmissibility. npj Biofilms and Microbiomes 2025; 11(1): .

Kelliher J.M.; Mirzayi C.; Bordenstein S.R.; Oliver A.; Kellogg C.A.; Hatcher E.L.; Berg M.; Baldrian P.; Aljumaah M.; Miller C.M.L.; Mungall C.; Novak V.; Palucki A.; Smith E.; Tabassum N.; Bonito G.; Brister J.R.; Chain P.S.G.; Chen M.; Degregori S.; Dundore-Arias J.P.; Emerson J.B.; Moreira C. Fernandes V.; Flores R.; Gonzalez A.; Hansen Z.A.; Jackson S.A.; Moustafa A.M.; Northen T.R.; Pariente N.; Pett-Ridge J.; Record S.; Reji L.; Reysenbach A.L.; Rich V.I.; Richardson L.; Roux S.; Schriml L.M.; Shabman R.S.; Sierra M.A.; Sullivan M.B.; Sundaramurthy P.; Thibault K.M.; Thompson L.R.; Tighe S.; Vereen E.; Burcham Z.M.; Yeoh Y.K.; Zhang Y.; You Y.; Peng X.; Liu X.J.A.; Anthony W.E.; Nelson W.; Boulton W.; Hervey W.J.; Myers T.; Mock T.; Nelson T.M.; Woyke T.; Chen S.; Hodgkins S.; Brawley S.H.; Mundra S.; Yarwood S.A.; Tsola S.L.; Couvillion S.; Jensen S.; Moxon S.; Roesemann S.; Sanchez-Carrillo S.; Baranzini S.E.; Oh S.; Jungbluth S.P.; Finks S.S.; Garcia S.L.; Jackrel S.L.; Miller S.N.; ¿Anolani Alegado R.; Wilhelm R.C.; Gruninger R.J.; Knight R.; White R.A.; Mondav R.; Corrêa dos Santos R.A.; Longley R.; Saho R.; Reiss R.A.; Handakumbura P.P.; Sengupta P.; Junier P.; Pope P.B.; Pjevac P.; Turnbaugh P.J.; Cotter P.D.; Eyice O.; Youssef N.H.; Segata N.; Kriefall N.G.; Brereton N.J.B.; Tas N.; Varona N.; Elshahed M.S.; Smith M.; Elmassry M.M.; Seyoum M.M.; Valles-Colomer M.; Allen M.A.; Poulsen M.; Howard M.; Cregger M.A.; Kellom M.; Grisnik M.; Miller M.A.; McCauley M.; Kroeger M.; Lozada M.; Pachiadaki M.; Barbero M.D.R.; Van Goethem M.W.; Dave M.; Muniesa M.; Rodriguez-Rubio L.; Karstens L.; Zhao L.; Caesar L.; Waldron L.; Camuy-Velez L.A.; McCue L.A.; Lemos L.N.; Johnson L.; Ward L.M.; Jain K.R.; Peach K.; Ryon K.A.; Myers K.S.; Yanuka-Golub K.; Pham K.; Goodwin K.; McMahon K.D.; Raman K.; Anantharaman K.; Prime K.J.; Debelius J.; Van Wyk J.; Watts J.; Sykes B.E.; Neufeld J.D.; Balcazar J.L.; Mazza Rodrigues J.L.; Bisanz J.E.; Klassen J.L.; Krause J.R.; Swift J.F.; Setubal J.C.; Guo J.; Mercado-Blanco J.; Kimbrel J.; Puig J.; Rothman J.A.; Hariharan J.; Henriksen J.R.; Daniels J.; Gilbert J.A.; Saunders J.; Oduwole I.; Keenum I.; Forteza I.; Bik H.M.; Cadillo-Quiroz H.; Bolivar-Torres H.H.; Skeen H.R.; Ehau-Taumaunu H.; Iraola G.; Pold G.; Trubl G.; Canto-Encalada G.; Schulz F.; Bak F.; Artz F.; Dini-Andreote F.; Rodriguez F.E.; Asnicar F.; Lauro F.M.; Ganda E.; Young E.; Cavanna E.; St. John E.; Davenport E.R.; Wissel E.F.; Graham E.B.; Skoog E.J.; Chisari E.; Barnhart E.; Wood-Charlson E.; Kuhn E.V.; Pasolli E.; Kiledal E.A.; Jaiswal D.K.; Parks D.H.; Walker D.M.; Merges D.; Coleman-Derr D.; Metze D.; Zhang D.J.; Schachtman D.P.; Sprockett D.D.; McDonald D.; Taylor D.L.; Huttenhower C.; Cecilia C.M.; Zuniga C.; Herbold C.W.; Ouzounis C.; Schadt C.; Hunter C.; Moissl-Eichinger C.; Quiroga C.H.; Robinson C.; Pan C.; Ettinger C.L.; Wolz C.M.; Hanson B.T.; Chalifour B.; Hedlund B.P.; Tierney B.T.; Chassaing B.; Hausmann B.; Kumar B.; Dutta A.; Chauhan A.; Anand A.; Bremges A.; Araujo Serrao de Andrade A.; Lapidus A.; Murray A.; Buchan A.; Clum A.; McHardy A.C.; Navid A.; Probst A.J.; De Santiago A.; Shibl A.A.; Vigneron A.; Oladipupo A.A.; Sare A.R.; Robinson A.; Eloe-Fadrosh E.A.. STREAMS guidelines: standards for technical reporting in environmental and host-associated microbiome studies. Nature Microbiology 2025; 10(12): 3059-3068.

Caminero A.; Tropini C.; Valles-Colomer M.; Shung D.L.; Gibbons S.M.; Surette M.G.; Sokol H.; Tomeo N.J.; Clark M.; Nguyen L.H.; Pimentel M.; Reyes Muñoz A.; Ranallo R.; Loomba R.; Kashyup P.; Hecht A.L.; Holtz L.R.; Hoffmann D.E.; Grinspan A.; Di Rienzi S.C.; Awoniyi M.; Alenghat T.; Tarr P.I.; Verdu E.F.. Credible inferences in microbiome research: ensuring rigour, reproducibility and relevance in the era of AI. Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology 2025; 22(11): 788-803.

Heidrich V.; Valles-Colomer M.; Segata N.. Human microbiome acquisition and transmission. Nature Reviews Microbiology 2025; : .

Andreu-Sanchez S.; Blanco-Miguez A.; Wang D.; Golzato D.; Manghi P.; Heidrich V.; Fackelmann G.; Zhernakova D.V.; Kurilshikov A.; Valles-Colomer M.; Weersma R.K.; Zhernakova A.; Fu J.; Segata N.. Global genetic diversity of human gut microbiome species is related to geographic location and host health. Cell 2025; 188(15): 3942-59.

Bargheet A.; Noordzij H.T.; Ponsero A.J.; Jian C.; Korpela K.; Valles-Colomer M.; Debelius J.; Kurilshikov A.; Pettersen V.K.. Dynamics of gut resistome and mobilome in early life: a meta-analysis. eBioMedicine 2025; 114: .

Porcari S.; Mullish B.H.; Asnicar F.; Ng S.C.; Zhao L.; Hansen R.; O'Toole P.W.; Raes J.; Hold G.; Putignani L.; Hvas C.L.; Zeller G.; Koren O.; Tun H.; Valles-Colomer M.; Collado M.C.; Fischer M.; Allegretti J.; Iqbal T.; Chassaing B.; Keller J.; Baunwall S.M.; Abreu M.; Barbara G.; Zhang F.; Ponziani F.R.; Costello S.P.; Paramsothy S.; Kao D.; Kelly C.; Kupcinskas J.; Youngster I.; Franceschi F.; Khanna S.; Vehreschild M.; Link A.; De Maio F.; Pasolli E.; Miguez A.B.; Brigidi P.; Posteraro B.; Scaldaferri F.; Stojanovic M.R.; Megraud F.; Malfertheiner P.; Masucci L.; Arumugam M.; Kaakoush N.; Segal E.; Bajaj J.; Leong R.; Cryan J.; Weersma R.K.; Knight R.; Guarner F.; Shanahan F.; Cani P.D.; Elinav E.; Sanguinetti M.; de Vos W.M.; El-Omar E.; Dore J.; Marchesi J.; Tilg H.; Sokol H.; Segata N.; Cammarota G.; Gasbarrini A.; Ianiro G.. International consensus statement on microbiome testing in clinical practice. The Lancet Gastroenterology and Hepatology 2025; 10(2): 154-67.

Labisa-Morais F.; Valente D.; Blanco-Miguez A.; Manghi P.; Garcia-Valiente A.; Andriamaniraka H.; Armanini F.; Asnicar F.; De Gregorio C.; Golzato D.; Manara S.; Modesto M.; Piperni E.; Pun¿ocha¿ M.; Scarafile D.; Torti V.; Borruso L.; Mattarelli P.; Giacoma C.; Sandri C.; Spiezio C.; Segata N.; Valles-Colomer M.. Bacterial transmission within social groups shapes the underexplored gut microbiome in the lemur Indri indri. ISME Journal 2025; 19(1): .

2024 (8)

Manghi P.; Bhosle A.; Wang K.; Marconi R.; Selma-Royo M.; Ricci L.; Asnicar F.; Golzato D.; Ma W.; Hang D.; Thompson K.N.; Franzosa E.A.; Nabinejad A.; Tamburini S.; Rimm E.B.; Garrett W.S.; Sun Q.; Chan A.T.; Valles-Colomer M.; Arumugam M.; Bermingham K.M.; Giordano F.; Davies R.; Hadjigeorgiou G.; Wolf J.; Strowig T.; Berry S.E.; Huttenhower C.; Spector T.D.; Segata N.; Song M.. Coffee consumption is associated with intestinal Lawsonibacter asaccharolyticus abundance and prevalence across multiple cohorts. Nature Microbiology 2024; 9(12): 3120-3134.

Manghi P.; Filosi M.; Zolfo M.; Casten L.G.; Garcia-Valiente A.; Mattevi S.; Heidrich V.; Golzato D.; Perini S.; Thomas A.M.; Montalbano S.; Cancellieri S.; Waldron L.; Hall J.B.; Xu S.; Volfovsky N.; Green Snyder L.A.; Feliciano P.; Asnicar F.; Valles-Colomer M.; Michaelson J.J.; Segata N.; Domenici E.. Large-scale metagenomic analysis of oral microbiomes reveals markers for autism spectrum disorders. Nature Communications 2024; 15(1): .

Piperni E.; Nguyen L.H.; Manghi P.; Kim H.; Pasolli E.; Andreu-Sanchez S.; Arre A.; Bermingham K.M.; Blanco-Miguez A.; Manara S.; Valles-Colomer M.; Bakker E.; Busonero F.; Davies R.; Fiorillo E.; Giordano F.; Hadjigeorgiou G.; Leeming E.R.; Lobina M.; Masala M.; Maschio A.; McIver L.J.; Pala M.; Pitzalis M.; Wolf J.; Fu J.; Zhernakova A.; Caccio S.M.; Cucca F.; Berry S.E.; Ercolini D.; Chan A.T.; Huttenhower C.; Spector T.D.; Segata N.; Asnicar F.. Intestinal Blastocystis is linked to healthier diets and more favorable cardiometabolic outcomes in 56,989 individuals from 32 countries. Cell 2024; 187(17): 4554-4570.

Selma-Royo M.; Dubois L.; Manara S.; Armanini F.; Cabrera-Rubio R.; Valles-Colomer M.; Gonzalez S.; Parra-Llorca A.; Escuriet R.; Bode L.; Martinez-Costa C.; Segata N.; Collado M.C.. Birthmode and environment-dependent microbiota transmission dynamics are complemented by breastfeeding during the first year. Cell Host and Microbe 2024; 32(6): 996-1010.

Dubois L.; Valles-Colomer M.; Ponsero A.; Helve O.; Andersson S.; Kolho K.L.; Asnicar F.; Korpela K.; Salonen A.; Segata N.; de Vos W.M.. Paternal and induced gut microbiota seeding complement mother-to-infant transmission. Cell Host and Microbe 2024; 32(6): 1011-24.

Huang K.D.; Amend L.; Galvez E.J.C.; Lesker T.R.; de Oliveira R.; Bielecka A.; Blanco-Miguez A.; Valles-Colomer M.; Ruf I.; Pasolli E.; Buer J.; Segata N.; Esser S.; Strowig T.; Kehrmann J.. Establishment of a non-Westernized gut microbiota in men who have sex with men is associated with sexual practices. Cell Reports 2024; 5(3): .

Sarkar A.; McInroy C.J.A.; Harty S.; Raulo A.; Ibata N.G.O.; Valles-Colomer M.; Johnson K.V.A.; Brito I.L.; Henrich J.; Archie E.A.; Barreiro L.B.; Gazzaniga F.S.; Finlay B.B.; Koonin E.V.; Carmody R.N.; Moeller A.H.. Microbial transmission in the social microbiome and host health and disease. Cell 2024; 187(1): 17-43.

Valles-Colomer M.; Manghi P.; Cumbo F.; Masetti G.; Armanini F.; Asnicar F.; Blanco-Miguez A.; Pinto F.; Pun¿ocha¿ M.; Garaventa A.; Amoroso L.; Ponzoni M.; Corrias M.V.; Segata N.. Neuroblastoma is associated with alterations in gut microbiome composition subsequent to maternal microbial seeding. eBioMedicine 2024; 99: .

2023 (7)

Blanco-Miguez A, Beghini F, Cumbo F, McIver LJ, Thompson KN, Zolfo M, Manghi P, Dubois L, Huang KD, Thomas AM, Nickols WA, Piccinno G, Piperni E, Puncochar M, Valles-Colomer M, Tett A, Giordano F, Davies R, Wolf J, Berry SE, Spector TD, Franzosa EA, Pasolli E, Asnicar F, Huttenhower C, Segata N. Extending and improving metagenomic taxonomic profiling with uncharacterized species using MetaPhlAn 4. Nature Biotechnology 2023; 0(0): 1-21.

Manara S, Selma-Royo M, Huang KD, Asnicar F, Armanini F, Blanco-Miguez A, Cumbo F, Golzato D, Manghi P, Pinto F, Valles-Colomer M, Amoroso L, Corrias MV, Ponzoni M, Raffaeta R, Cabrera-Rubio R, Olcina M, Pasolli E, Collado MC, Segata N. Maternal and food microbial sources shape the infant microbiome of a rural Ethiopian population. Current Biology 2023; 33(10): 1939-1950.

Manghi P, Blanco-Miguez A, Manara S, NabiNejad A, Cumbo F, Beghini F, Armanini F, Golzato D, Huang KD, Thomas AM, Piccinno G, Punocha M, Zolfo M, Lesker TR, Bredon M, Planchais J, Glodt J, Valles-Colomer M, Koren O, Pasolli E, Asnicar F, Strowig T, Sokol H, Segata N. MetaPhlAn 4 profiling of unknown species-level genome bins improves the characterization of diet-associated microbiome changes in mice. Cell Reports 2023; 42(5): .