►HPLC. Després de separar-se del suport sòlid, el pèptid sintètic brut s’analitza mitjançant HPLC de fase inversa per a determinar la seva puresa. En aquesta etapa, un pèptid de mida mitjana (p. ex., un 20-mer) normalment conté ~80% de la seqüència desitjada, la resta consisteix en truncament, deleció i altres subproductes. Si bé aquesta puresa pot considerar-se acceptable per a alguns fins, per exemple, la producció d’anticossos, per a la majoria de les aplicacions biomèdiques es recomana treballar amb materials més purs (>90% per HPLC). Els pèptids més grans, per exemple, de 40 a 50 residus, tendeixen a donar crus complexes i heterogenis en els quals la seqüència objectiu només pot representar-se a un nivell de ~50%, per la qual cosa la purificació és obligatòria.

La purificació acostuma a realitzar-se mitjançant HPLC preparativa o semipreparativa, utilitzant fases mòbils i estacionàries similars a les de les separacions analítiques. Normalment, un sol pas d’HPLC proporcionarà material peptídic amb una puresa del 90-95%, acceptable per a la majoria dels propòsits. Les pureses més altes (~98-99%) generalment requeriran un pas addicional del HPLC.

►Espectrometria de masses: Per a detectar el pèptid diana en el cru sintètic i monitorar els passos de purificació subsegüents, s’utilitza l’anàlisi MS (LC-MS, MALDI-TOF) per a assegurar-se que la massa mesurada sigui consistent amb la composició esperada. 

►Altres equips: La instrumentalització addicional en la instal·lació inclou una unitat de liofilització, un lector multicanal per a la quantificació de pèptids, ELISA i altres aplicacions, etc. L’anàlisi d’aminoàcids per a la quantificació precisa de pèptids també està disponible mitjançant subcontractació.