Flow Cytometry Core Facility

La Unitat de Citometria de flux és una unitat conjunta UPF/CRG i proporciona als investigadors del PRBB l'experiència tècnica i la formació necessària per accedir a instrumentació d'última generació, així com assessorament tècnic i científic per desenvolupar assajos de citomia de flux eficients i fiables amb els més alts estàndards de control de qualitat i productivitat.

La citometria de flux estudia els paràmetres òptics emesos per partícules (cèl·lules, fraccions cel·lulars). Els citòmetres de flux poden estudiar una sèrie de paràmetres de partícules individuals simultàniament, ràpidament i sobre un gran nombre de partícules individualitzades en suspensió. Els citòmetres de flux utilitzen làsers com a font d'excitació lumínica; per tant, ha de ser possible marcar les partícules amb una o més substàncies fluorescents. També es recull informació sobre la mida i la complexitat estructural de cada partícula. Aquest estudi multiparamètric de cada partícula ens permet analitzar subpoblacions en mostres complexes mitjançant la classificació electrònica. Alguns citòmetres també estan equipats amb mòduls de classificació i recollida de partícules d'interès.

Les aplicacions més importants de la citometria de flux inclouen les relacionades amb l'estudi de receptors de superfície cel·lular, antígens nuclears i citoplasmàtics, contingut d'ADN, activitat enzimàtica, integritat cel·lular i permeabilitat de membrana i fluxos de calci.

Actualment, la Unitat acull sis analitzadors i quatre separadors. Els separadors són operats pel personal de la instal·lació, que també dóna suport als usuaris en el disseny experimental i l'anàlisi de dades. Els analitzadors són operats pels mateixos usuaris, després d'haver estat entrenats. El personal de la instal·lació ajuda amb el disseny experimental i supervisa i supervisa els experiments quan sigui necessari.

Per més informació, siusplau contacteu amb Òscar Fornas.

Podeu aprendre més sore la unitat al TOUR VIRTUAL.

Últimes actualitzacions

Nova adquisició de tecnologia:

• Analitzador espectral Cytek Aurora (Cytek Biosciences) 
• Separador de cèl·lules espectral BigFoot (ThermoFisher Scientific) 
• Separdor de cèl·lules espectral BD FACSDiscover S8 (Becton Disckinson)

Aplicacions implementades: 

Flow Cariotip per Separació de Cromosomes s'ha implementat a la nostra unitat per aïllar cromosomes per a la seva seqüenciació. A més, aquesta metodologia permet la detecció d'aberracions numèriques i estructurals dels cromosomes. Els cromosomes d'un sol tipus es poden purificar facilitant la cartografia gènica o la producció de biblioteques d'ADN recombinant específiques dels cromosomes.

Referència: https://www.nature.com/articles/s41467-018-07885-5 

Single Virus Sorting S'ha desenvolupat la Separació de Virus únic al nostre servei per aïllar un sol virus. Això permet l'accés al genoma d'un sol virus per a la seqüenciació i  permet descobrir algunes de les espècies virals marines més abundants i ecològicament rellevants. El mètode es podria utilitzar per estudiar altres entitats biològiques en diferents ecosistemes..

Referència: https://www.nature.com/articles/ncomms15892

Pioneering technique to discover viruses present in saliva (22/03/2018) Un grup d'investigadors liderats Per Manuel Martínez García, membre del Departament de Fisiologia, Genètica i Microbiologia de la Universitat d'Alacant, amb La participació d'Oscar Fornas, cap de La unitat de Citometria de Flux UPF-CRG, ha descobert nous virus presents a la saliva humana mitjançant l'aplicació de tècniques que combinen citometria de flux, genòmica i biologia molecular.

Referència:
Cruz MJ, Martinez-Hernandez F, Garcia-Heredia I, Lluesma M, Fornas O and Martinez-Garcia M.
"Deciphering the Human Virome with Single-Virus Genomics and Metagenomics."
Viruses, March 2018.

Publicacions

 

• Benmarching of single-virus genomics: a new tool for uncovering the virosphere. Garcia-Heredia I, Bhattacharjee AS, Òscar Fornas, Gomez ML, Martínez JM, Martínez-García M. Environ Microbiol. 2020 Dec28. doi: 10,1111/1462-2920.15375.
• Flow Sorting Enrichment and Nanopore Sequencing of Chromosome 1 From a Chinese Individual. Lukas F. K. Kuderna, Manuel Solis-Moruno, Laura Batlle-Masó, Eva Julià, Esther Lizano, Roger Anglada, Erika Ramírez, Àlex Bote, Marc Tormo, Tomàs Marqués-Bonet, Òscar Fornas, Ferran Casals. Front Genet. 2019; 10:1315.
• Ecogenomics of the SAR11 clade. Jose M. Haro-Moreno, Francisco Rodrigeuz-Valera, Riccardo Roselli, Francisco Martinez-Hernandez, Juan J. Roda-Garcia, Monica Lluesma Gomez, Òscar Fornas, Manuel Martinez-Garcia, Mario López-Pérez. Environ Microbiol. 2020 May; 22(5): 1748-1763
• Three-Dimensional Genomic Structure and Cohesin Occupancy Correlate with Transcriptional Activity during Spermatogenesis. Vara C, Paytuví-Gallart A, Cuartero Y, Le Dily F, Garcia F, Salvà-Castro J, Gómez-H L, Julià E, Moutinho C, Aiese Cigliano R, Sanseverino W, Fornas O, Pendás AM, Heyn H, Waters PD, Marti-Renom MA, Ruiz-Herrera A. T  Cell Rep. 2019 Jul 9;28(2):352-367.e9
• Selective single molecule sequencing and assembly of a human Y chromosome of African origin.Kuderna LFK, Lizano E, Julià E, Gomez-Garrido J, Serres-Armero A, Kuhlwilm M, Alandes RA, Alvarez-Estape M, Juan D, Simon H, Alioto T, Gut M, Gut I, Schierup MH, Fornas O, Marques-Bonet T. Nat Commun. 2019 Jan 2;10(1):4.
• Single-cell genomics uncover Pelagibacter as the putative host of the extremely abundant uncultured 37-F6 viral population in the ocean. Martinez-Hernandez F, Fornas Ò, Lluesma Gomez M, Garcia-Heredia I, Maestre-Carballa L, López-Pérez M, Haro-Moreno JM, Rodriguez-Valera F, Martinez-Garcia M. ISME J. 2019 Jan;13(1):232-236.
• Deciphering the Human Virome with Single-Virus Genomics and Metagenomics. de la Cruz Peña MJ, Martinez-Hernandez F, Garcia-Heredia I, Lluesma Gomez M, Fornas Ò, Martinez-Garcia M. Viruses. 2018 Mar 6;10(3). pii: E113.
• Single-virus genomics reveals hidden cosmopolitan and abundant viruses. Martinez-Hernandez F, Fornas O, Lluesma Gomez M, Bolduc B, de la Cruz Peña MJ, Martínez JM, Anton J, Gasol JM, Rosselli R, Rodriguez-Valera F, Sullivan MB, Acinas SG, Martinez-Garcia M. Nat Commun. 2017 Jun 23;8:15892.
• Triplication of DYRK1A causes retinal structural and functional alterations in Down syndrome. Laguna A, Barallobre MJ, Marchena MÁ, Mateus C, Ramírez E, Martínez-Cue C, Delabar JM, Castelo-Branco M, de la Villa P, Arbonés ML. Hum Mol Genet. 2013 Jul 15;22(14):2775-84. doi: 10.1093/hmg/ddt125. Epub 2013 Mar 19.
• Flow cytometric-based isolation of nucleated erythroid cells during maturation: an approach to cell surface antigen studies. Fornas O, Domingo JC, Marin P, Petriz J. Cytometry. 2002 Dec 15; 50(6):305-12. doi:10.1002/cyto.10158.
• Flow cytometry counting of CD34+ cells in whole blood. Fornas O, García J, Petriz J. Nat Med. 2000 Jul;6(7):833-6. doi: 10.1038/77571.,