eTRANSAFE, el projecte europeu per compartir dades sobre la seguretat dels medicaments, ha arribat a bon port. El projecte ha integrat, en una única plataforma, dades de més de 10.000 estudis farmacològics de companyies farmacèutiques de referència, provinents d’una dotzena de bases de dades que agrupen informació pública i privada d’estudis clínics i preclínics. El projecte també ha desenvolupat ‘Flame’, una aplicació d’aprenentatge automàtic de codi obert que permet predir si futurs medicaments presentaran efectes adversos. 

Al projecte eTRANSAFE, hi han participat tretze companyies de la indústria farmacèutica i una desena d’institucions acadèmiques, entre les que hi destaca el GRIB; el programa de recerca en bioinformàtica mèdica del Departament de Medicina i Ciències de la Vida (MELIS) de la UPF i l’Hospital del Mar Research Institute i la spin-off MedBioinformatics Solutions, sorgida del mateix programa. 

“Compartir dades està a l’ordre del dia. En el món acadèmic, les dades obertes són relativament habituals però en el món de l’empresa és més complicat”, explica Ferran Sanz, catedràtic de la UPF i coordinador del Grup de recerca en ’Informàtica Biomèdica Integrativa al GRIB. “Amb tot, ja que la seguretat dels medicaments no és el principal àmbit de competència en la indústria farmacèutica, la possibilitat de compartir dades és més viable, i d’aquí va néixer eTRANSAFE. De l’oportunitat de compartir dades i la necessitat de poder fer millors prediccions de la toxicitat de futurs medicaments”, afegeix, Sanz, que ha sigut coordinador acadèmic del projecte. 

eTRANSAFE va néixer de l’oportunitat de compartir dades i la necessitat de poder fer millors prediccions de la toxicitat de futurs medicaments.

Els resultats del projecte eTRANSAFE, publicats a la revista Nature Reviews Drug Discovery, han aconseguit agrupar la informació de més de 10.000 estudis de toxicologia fets per tretze companyies farmacèutiques de referència, com ara Bayer, Roche o Boehringer. Les dades recollides, juntament amb altres dades provinents de bases de dades públiques, s’han abocat a la plataforma ToxHub; un sistema únic creat per a que tots els membres del projecte puguin explorar i explotar la informació sobre seguretat farmacològica. 

Els consorci ha aconseguit recollir dades estandarditzades d’estudis preclínics, fets en animals, i clínics i de farmacovigilància, en humans, que s’han extret electrònicament per minimitzar l’error humà. Ara bé, per a poder comparar tots els resultats el consorci ha hagut de desenvolupat un servei informàtic de “traducció” de conceptes preclínics i clínics estandarditzats que han publicat en accés obert. 

“Quan en estudis amb animals veiem el comportament de rascar-se, l’hauríem d’associar al que en clínica anomenem pruïja. Per això ens calia tenir una eina per equiparar aquests conceptes i poder comparar els resultats dels estudis fets amb animals amb els humans.”, explica Sanz. 

L’anàlisi conjunt de dades d’estudis preclínics i clínics ha permès identificar que, no sempre els animals més propers als humans, són els més adequats per predir els efectes d’un medicament en la nostra espècie. Per exemple, les rates han resultat predir millor que els primats les reaccions cutànies que poden causar els inhibidors de quinases, uns fàrmacs molt utilitzat en el tractament contra càncer. 

En el marc d’aquest projecte, des del GRIB també s’ha desenvolupat ‘Flame’. Una aplicació d’aprenentatge automàtic i de codi obert per construir, mantenir i compartir de manera senzilla models que prediuen les propietats biològiques de nous compostos. “Amb aquesta aplicació podem compartir, en qüestió de minuts, un model desenvolupat a la universitat amb una empresa farmacèutica”, explica Manuel Pastor, professor de la UPF i cap del Grup de Farmacoinformàtica al GRIB, que ha liderat el desenvolupament de Flame. 

L’aplicació, que pot ser instal·lada tant en un portàtil com en grans servidors al núvol, “presenta de manera senzilla i visualment atractiva un software molt sofisticat, per tal que qualsevol persona investigadora els pugui utilitzar”. 

En els sis anys que ha durat el projecte, també s’ha fet un prototip per estudiar els animals control virtuals, o amb la col·laboració de socis com MedBioInformatics Solutions, s’han desenvolupat eines bioinformàtiques per identificar biomarcadors mecanístics, que aporten informació sobre el mecanisme pel qual un fàrmac causa efectes adversos i eines de mineria de text per identificar els biomarcadors utilitzats en assaigs clínics. 

Totes aquestes eines i les bases de dades desenvolupades per eTRANSAFE, quedaran permanentment emmagatzemades a la UPF que és l’últim ”honest broker” del projecte.

“El projecte ha aconseguit molts dels objectius proposats des de l’inici i ha permès establir un contacte directe amb les empreses farmacèutiques i desenvolupar productes en base a les seves necessitats reals.”, conclou Laura Furlong, cofundadora i directora científica de la spin-off del GRIB, MedBioinformatics Solutions. 

eTRANSAFE ha estat finançat amb 40 milions d’euros per la iniciativa europea sobre medicaments innovadors que rep un 50% de finançament de l’Unió Europea i un 50% del finançament és privat. La UPF, l’Hospital del Mar Research Institute i la spin-off MedBioInformatics solutions, han rebut més de tres milions d’euros.  

Article de referència:

Sanz, F, et al., ‘eTRANSAFE: data science to empower translational safety assessment’. Nature Reviews Drug Discovery. June 2023. DOI: 10.1038/d41573-023-00099-5