Els Consells de Govern del 19 d'octubre i 23 de novembre del 2011 va aprovar el reconeixement de tres grups de recerca de la UPF com a Centres Específics de Recerca (CER). Concretament, són el Centre d'Investigació en Salut Laboral (CISAL), el Centre de Cognició i Cervell (CBC) i, finalment el  Centre d'Investigació i Recerca en Metodologia de l'Enquesta (RECSM).

Els CER són ens singulars amb projecció externa pròpia que depenen del vicerectorat de Política Científica. Són centres que tenen un grup promotor de la UPF per tal de portar a terme recerques i estudis en un determinat àmbit del coneixement i que disposen d'un acord de col·laboració plurianual amb una o més entitats externes que garanteixen el finançament de la seva estructura de manera que,  la universitat no crea una estructura específica d'administració i gestió per als CER, ni aquests tenen personalitat jurídica pròpia.

Els requisits que ha de reunir un centre promotor per esdevenir en CER són els següents:

• Han de representar un nucli de recerca bé interdepartamental, bé interuniversitari o en col·laboració amb altres entitats de recerca, d'alta especialització emmarcat en un àmbit de recerca UPF i liderat per un professor amb vinculació a la UPF.
• Han de disposar d'un finançament extern no vinculat a convocatòries competitives d'ajuts per a la posta en marxa, consolidació o manteniment de l'estructura del centre.
• Han de tenir com a funció principal l'atenció a la demanda d'entitats públiques o privades externes en uns camps específics de recerca i,
• finalment,
  
• han de requerir una gestió específica i una projecció externa singularitzada.

El Centre d'Investigació en Salut Laboral (CISAL) es va crear el 2009 per un conveni entre la UPF, Corporación Mutua i l'Institut Sindical del Treball, l'Ambient i la Salut (ISTAS),  amb l' objectiu principal d'esdevenir un centre de referència nacional i internacional en aquesta matèria tant per als treballadors com per a les empreses. Està dirigit per Fernando García-Benavides, catedràtic d'universitat del CEXS-UPF.

El Centre de Cognició i Cervell treballa per esdevenir un referent internacional de gran influència d'excel·lència científica pel que fa a la interacció entre la cognició i el cervell tant en l'àmbit científic com en el social, avançant en la comprensió de com l'experiència influeix en la  funció i l'estructura del cervell a través de la recerca computacional i experimental.  Està format pels grups recerca: CNS (Computational Neuroscience Group), MRG (Multimodal Research Group), SAP (Speech Acquisition and Perception), SPB (Speech Production and Bilingualism) i RICO (Reasoning and Infant Cognition. El dirigeix Gustavo Deco, investigador ICREA i catedràtic del DTIC.

El Centre d'Investigació i Especialització en Metodologia de l'enquesta (RECSM) fa recerca fonamental en el disseny del qüestionari, l'avaluació de preguntes de l'enquesta, les estratègies de treball de camp i la supervisió, els efectes de l'entrevistador, i anàlisi de dades, entre d'altres temes. A més d'això, ofereix l'assessorament d'experts en recerca de l'enquesta per a investigadors acadèmics, governamentals i comercials que ho necessiten. Mariano Torcal, catedràtic d'universitat del Departament de Ciències Polítiques i Socials (CPIS) de la UPF, n'és el director.