Tradicionalmente, los genes del cáncer se dividen en genes supresores de tumores, como el gen TP53, que participan en el desarrollo de tumores cuando pierden su función, y los oncogenes, como por ejemplo el BRAF, que cuando se activan de manera errónea pueden transformar células normales en células tumorales. Distinguir entre unos y otros tipos de genes es muy importante para entender cómo se originan y evolucionan los tumores, para tomar decisiones terapéuticas y para el desarrollo de nuevas dianas farmacológicas.

Las herramientas bioinformáticas de la serie Oncodrive tienen por objetivo identificar los genes implicados en el desarrollo tumoral. La serie consta de OncodriveFM y OncodriveCLUST, que identifican estos genes a partir del patrón de mutaciones observado en tumores, y ahora, se añade OncodriveROLE que clasifica los genes de cáncer según el tipo de mutaciones que presentan, sea por activación o por pérdida de función.

Michael P . Schroeder, primer firmante del trabajo publicado en Bioinformatics este mes de septiembre, en colaboración con otros miembros del laboratorio de Genómica Biomédica que dirige Núria López Bigas, investigadora ICREA en el Departamento de Ciencias Experimentales y de la Salud de la UPF, desarrollaron un método capaz de clasificar con precisión los genes de cáncer identificados en proyectos de secuenciación de tumores, según estos dos grupos posibles de genes del cáncer descritos anteriormente.

En este trabajo se analizaron treinta propiedades del patrón de alteración genómica de los genes para identificar aquellas características que permiten distinguir entre un grupo y otro, y finalmente, combinar las propiedades con mayor poder discriminatorio para crear un clasificador. El resultado ha sido un nuevo método, el OncodriveROLE,  altamente preciso que está disponible en http://bg.upf.edu/oncodrive-role/,y que se describe en detalle en un trabajo publicado en Bioinformatics.

Este trabajo fue seleccionado para presentación oral en el Congreso Europeo de Biología Computacional, que tuvo lugar en Estrasburgo ( Francia) del 7 al 10 de septiembre.

Como ha comentado López-Bigas "el siguiente paso será incorporar OncodriveROLE en la plataforma IntOGen -mutations que identifica mutaciones y genes clave en el desarrollo del cáncer a partir del análisis de miles de genomas de tumores ".

Trabajo de referencia:

Michael P. Schroeder, Carlota Rubio-Pérez, David Tamborero, Abel González-Pérez i Nuria López-Bigas (2014), " OncodriveROLE classifies cancer driver genes in loss of function and activating mode of action", Bioinformatics, vol 30, ECCB, pp. 1549-1555, doi: 10.1093/bioinformatics/btu467.