Vés enrere Impuls al ‘machine learning’ per accelerar la recerca proteòmica

Impuls al ‘machine learning’ per accelerar la recerca proteòmica

Onze socis europeus iniciaran un nou programa per formar una nova generació d’investigadors amb les últimes habilitats d’aprenentatge automàtic i visualització de dades per impulsar aquest camp de recerca en expansió.
22.12.2020

Imatge inicial - Membres de la Unitat de Proteòmica UPF-CRG

Una nova generació d’equips de recerca es formarà en habilitats computacionals, incloses les noves tècniques de visualització de dades y ‘machine learning’ –l’aprenentatge automàtic de les màquines- d’avantguarda. El programa que ho farà possible impulsarà l’estudi de proteïnes als organismes vius.

Les proteïnes són els components bàsics de la vida, que donen estructura a les cèl·lules, catalitzen reaccions a través d’enzims o combaten infeccions mitjançant anticossos. L’estudi del conjunt de proteïnes de la cèl·lula és conegut com el proteoma cel·lular. La resolució de les seves interaccions i dinàmiques juga un paper vital en el diagnòstic de malalties humanes, així com en el desenvolupament de nous tractaments per a afeccions tan variades com la demència o el càncer.

Gràcies als ràpids avenços en l’aprenentatge automàtic i la visualització de dades, els equips de recerca tenen ara una oportunitat sense precedents per extraure grans conjunts de dades que els permetin comprendre el proteoma i la seva interacció amb els gens subjacents. Els nous algoritmes de processament poden revelar estructures ocultes, interaccions i modificacions de proteïnes, mentre que les eines interactives i altament visuals obren noves possibilitats experimentals gràcies a la integració i presentació de dades proteòmiques amb d’altra informació molecular.

Els estudiants de doctorat inscrits en aquest programa també adquiriran d’altres habilitats tècniques transferibles relacionades amb l’espectrometria de masses, el processament de dades, la comunicació científica, la gestió de dades i la recerca i innovació responsables.

Onze instituts de recerca europeus, petites empreses i socis industrials, iniciaran un nou programa per formar una nova generació d’equips de recerca sobre els recursos més innovadors en aprenentatge automàtic i visualització de dades per a impulsar aquest florent camp de recerca.

Els estudiants de doctorat inscrits en aquest programa també adquiriran d’altres habilitats tècniques transferibles relacionades amb l’espectrometria de masses, el processament de dades, la comunicació científica, la gestió de dades i la recerca i innovació responsables.

El consorci internacional estarà liderat per Eduard Sabidó, responsable de la Unitat de Proteòmica del CRG i la Universitat Pompeu Fabra (UPF), i rebrà 4 milions d’euros per iniciar el programa al gener de 2021.

Sabidó, científic responsable del programa de formació afirma que “a PROTrEIN hem elaborat un ambiciós programa científic i formatiu per abordar els reptes de la recerca proteòmica i la formació d’investigadors computacionals altament valorats."

Sergi Beltrán, cap de la Unitat de Bioinformàtica i de l’Equip d’Anàlisis de Dades del Centre Nacional d’Anàlisis Genòmica (CNAG-CRG), i líder d’un dels projectes, comenta que “aquesta ITN contribuirà a l’avenç científic i tècnic del camp alhora que ofereix un marc de formació. També tindrà un retorn directe a la societat, ja que el nostre objectiu és ajudar amb el diagnòstic d’alguns pacients amb malalties rares.”

El programa, denominat PROTrEIN, està finançat per les xarxes de formació innovadora Marie Skłodowska-Curie (ITN, per les seves sigles en anglès), un és un ajut competitiu part del programa de recerca Horitzó 2020 de la Unió Europea. Les ITN reuneixen universitats, instituts de recerca i d’altres sectors per tot el món per a formar investigadors a nivell de doctorat. En aquesta convocatòria es finançaran un total de 114 projectes, que van tenir una taxa d’èxit del 8,9%.

PROTrEIN obre avui una convocatòria per a reclutar 15 estudiants de doctorat en laboratoris ubicats a Espanya, França, Dinamarca, Alemanya, Bèlgica, Àustria i Finlàndia. Els candidats poden ser de qualsevol nacionalitat, però han de complir amb els requisits d’elegibilitat pel programa MSCA-ITN. La convocatòria està oberta fins al 31 de gener i la sol·licitud només pot realitzar-se a través del formulari de sol·licitud de PROTrEIN.