Vés enrere Un projecte de software de codi obert desenvolupat a la UPF rep el suport de la Iniciativa Chan Zuckerberg

Un projecte de software de codi obert desenvolupat a la UPF rep el suport de la Iniciativa Chan Zuckerberg

Robert Castelo, professor del Departament de Medicina i Ciències de la Vida de la Universitat, ha rebut 150.000 dòlars de finançament de la Chan Zuckerberg Initiative, que li permetran millorar el programa GSVA "Gene Set Variation Analysis for microarrays and RNA-seq data", que ell va desenvolupar, en el marc del projecte Bioconductor de software en biologia.
11.11.2022

Imatge inicial

Robert Castelo, professor del Departament de Medicina i Ciències de la Vida (MELIS) ​​de la Universitat Pompeu Fabra, ha obtingut 150.000 dòlars de finançament de la Iniciativa Chan Zuckerberg (Chan Zuckerberg Initiative, CZI), una organització filantròpica de suport a la ciència i l'educació que, mitjançant el programa Essential Open Source Software for Science (EOSS), finança projectes de programari de codi obert útils per a la recerca biomèdica.

"Avui dia, el programari de codi obert ha esdevingut un ingredient vital per al desenvolupament de moltes àrees de la ciència", explica Castelo. Tot i això, malgrat la seva utilitat i de facilitar l'avenç científic a totes les parts del món, el creixement i manteniment del programari de codi obert rep molt poc suport financer. En aquest sentit, el programa EOSS del CZI és una valuosa excepció".

Robert Castelo: "Avui dia, el programari de codi obert ha esdevingut un ingredient vital per al desenvolupament de moltes àrees de la ciència"

Aquesta opinió és compartida pel CZI, que considera que “tot i la seva importància, la major part del programari de codi obert està infravalorat i no té finançament per al manteniment, el creixement, el desenvolupament i el compromís de la comunitat, especialment després de la seva fase inicial", expliquen a la seva web.

Logo del programa GSVA

Juntament amb Justin Guinney, investigador principal de Tempus Labs, Inc. i professor associat afiliat de la Universitat de Washington (EUA), i Sonja Hänzelmann, estudiant de doctorat de la UPF, Castelo va desenvolupar el 2013 la primera versió del programari de codi obert GSVA "Gene Set Variation Analysis for microarrays and RNA-seq data" com a part del projecte Bioconductor de software en biologia. Bioconductor és un projecte de codi obert finançat per l'Institut Nacional de Recerca del Genoma Humà (NHGRI) dels Estats Units, que proporciona accés a programari per a l'anàlisi i la comprensió de dades genòmiques d'alt rendiment.

GSVA redueix les dades de les concentracions moleculars de gens o proteïnes, a nivell del que es coneix com a rutes moleculars. El resultat permet analitzar aquestes dades en termes de rutes moleculars amb múltiples aplicacions en altres tasques analítiques, com ara el càlcul de puntuacions d'infiltració del sistema immune o la deconvolució de tipus cel·lulars, que són habituals en la investigació, per exemple, per entendre millor el microambient del càncer o la resposta a la immunoteràpia.

Aquesta versatilitat del programari ha fet que, des de la primera publicació, acumuli més de 200.000 descàrregues i que l'article que el descriu, segons Google Scholar, hagi rebut més de 4.000 citacions. Al projecte finançat pel CZI també participaran Justin Guinney i Beatriz Calvo, estudiant de doctorat que actualment forma part de l'equip de Castelo.

"No obstant, el seu èxit fa necessari el desenvolupament d'una actualització del programari, per tal d'analitzar les dades moleculars produïdes per les tecnologies de perfilat unicel·lular, augmentar-ne la robustesa i eficiència, i millorar la documentació. El suport del CZI ens permetrà, entre altres coses, contractar un enginyer de programari de recerca que ens ajudi en aquestes tasques”, continua Castelo.

Sobre la Iniciativa Chan Zuckerberg

La Chan Zuckerberg Initiative (CZI) es va fundar l'any 2015 per ajudar a resoldre alguns dels reptes més difícils de la societat, des d'eradicar malalties i millorar l'educació fins a atendre les necessitats de les nostres comunitats. Mitjançant la col·laboració, proporcionant recursos i construint tecnologia, la seva missió és ajudar a construir un futur més inclusiu, just i saludable per a tothom.

Multimèdia

ODS - Objectius de desenvolupament sostenible:

Els ODS a la UPF

Contact

Per a més informació

Notícia publicada per:

Oficina de Comunicació