Les dades obtingudes en els estudis de seqüenciació del càncer mostren una gran heterogeneïtat en la distribució de mutacions somàtiques observades en els tumors,  fins i tot dins del mateix tipus.

Tot i que existeixen determinats gens que es troben recurrentment alterats en cada cohort de pacients, el panorama està dominat per una llarga cua de gens afectats de manera infreqüent amb una rellevància per a la malaltia que no es pot determinar degut a la falta de poder estadístic.

Entre d'altres, aquest fet és degut a que la tumorigènesi es basa en destorbar determinats processos biològics que es poden veure afectats de manera similar alterant diferents gens individuals.

Per aquest motiu, una anàlisi de les diferents proteïnes que s'agrupen en una mateixa xarxa pot estimar millor el paper de les alteracions observades en cada gen.

En un estudi publicat el 15 de desembre s'avaluen les alteracions observades en més de 3.200 tumors de dotze dels tipus de càncers més comuns mitjançant un nou mètode anomenat HotNet2, desenvolupat per investigadors de la Universitat de Brown (EUA) dins el consorci de l'Atles del Genoma del Càncer,  i ha comptat amb la participació del grup que dirigeix Núria López-Bigas, investigadora ICREA del Departament de Ciències Experimentals i de la Salut (CEXS). L'estudi s'ha publicat en l'edició avançada en línia de la revista Nature Genetics.

OncodriveFM i OncodriveCIS han ajudat a calcular les interaccions de proteïnes involucrades

Com ha manifestat López-Bigas: "aquesta eina permet integrar l'impacte d'una alteració,  estimat a partir de diferents mètodes, per tal d'avaluar si aquesta mesura es propaga per una determinada xarxa de proteïnes de manera estadísticament significativa". Entre d'altres, les anàlisis han comptat amb les mesures obtingudes per OncodriveFM i OncodriveCIS, dos mètodes d'anàlisi desenvolupats en el laboratori de López-Bigas. Com a resultat, s'ha confirmat el paper de xarxes de proteïnes que estaven ben descrites en càncer, com ara les xarxes TP53, PI3K i NOTCH, així com el d'agrupacions de gens involucrats en processos emergents de la tumorigènesi com l'epigenètica, la degradació de proteïnes i la interacció amb el sistema immune.

Finalment, l'estudi també descriu grups de gens en els quals aquestes alteracions concorren en el mateix tumor o, per contra, s'observen de manera mútuament excloent, revelant noves relacions de dependència o redundància entre gens i el seu corresponent procés biològic. En resum, el resultat d'aquest treball identifica combinacions de gens involucrats en la tumorigènesi mitjançant diferents tipus d'alteracions somàtiques i descriu un mapa d'interaccions de proteïnes implicades en la transformació d'una cèl·lula normal a una cèl·lula  cancerígena.

Treball de referència:

Mark D.M. Leiserson, Fabio Vandin, Hsin TaWu, Jason R. Dobson., JonathanV., Eldridge,Jacob L.Thomas,Alexandra Papoutsaki, Younhun Kim,Beifang Niu, MichaelMcLellan, Michael S. Lawrence, Abel Gonzalez Perez ,David Tamborero, Yuwei Cheng, Gregory A. Ryslik, Nuria Lopez Bigas, Gad Getz, Li Ding,  Benjamin J. Raphael. (2014), " Pan Cancer Network Analysis Identifies  Combinations of Rare Somatic Mutations across Pathways and Protein Complexes", Nature Genetics, 15 de desembre.

Altres e-notícies de recerca relacionadas:

Classificar el càncer segons el seu perfil molecular podria millorar el diagnòstic i el tractament de la malaltia