Our goal is to isolate, culture and subsequently characterize the cell biology, behavior and ecosystem relevance of the most abundant unknown protists on earth. Protists are single-celled and colonial microbial eukaryotes which, due to their size (generally between a few micrometers and a few hundred micrometers) are a critical part of the food webs in all of earth's principal ecosystems. In addition, protists form the backbone of the eukaryotic tree of life, meaning that studies of protists inform our understanding of the evolution of eukaryotic cell biology, gene content and species diversity. Our work currently consists of four related projects:

1. Biology of Globally Abundant Protists: we aim to isolate and culture the most abundant, and as yet unknown, protists on earth. Once in culture, we will characterize their cell biology, ultrastructure, life history, behavior and interspecies interactions using time-lapse and fluorescence microscopy techniques, accompanied by single-cell sequencing. In this process, we hope to establish these protists as new model systems whose biology and ecosystem relevance can be studied intensively in the lab.

2. Global Gene Expression of Abundant Protists: we begin with hypotheses, based on our lab studies, regarding the potential ecological roles of the abundant protists we study. Armed with the their gene catalogs from genome and transcriptome sequencing, we apply the bioinformatic methods we developed to investigate the patterns in their gene expression in global-scale metatranscriptomic sequencing databases. As examples, these hypotheses may relate to their ecological roles, in terms of species interactions, or their responses to changes in environmental conditions.

3. Eukaryotic Gene Family and Protein Domain Evolution: we develop new computational methods to study the genes and genomes of diverse eukaryotes in order to reconstruct the evolutionary history of gene families, protein domains and the biological processes they drive.

In addition, because only a tiny fraction of protist species are available in culture, we anticipate that the sequence resources we generate for newly isolated protists will be informative for studies of eukaryotic diversity and the evolution of gene content and function.

4. Resources for the Protist Research Community and Beyond: as we work, we design the output of our research projects to be reusable. We make our data, code and wet lab protocols available to the research community. We also lead or participate in projects to collect and organize eukaryotic sequence data and taxonomy, in order to standardize and streamline their use for all researchers.

Web page: https://www.beaplab.org 

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Investigadores del IBE contribuyen a los Libros Blancos del CSIC con los desafíos científicos de la década

El Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC) ha publicado las dos primeras entregas de los 14 libros blancos del CSIC que recogen los retos científicos de la década, con el objetivo de ampliar el conocimiento sobre la evolución y la genómica. Investigadores del Instituto de Biología Evolutiva (IBE) han contribuido al libro blanco "Orígenes, (Co) Evolución, Diversidad y Síntesis de la Vida", que aborda la aparición de la vida y su diversificación hasta la biología actual y al Libro Blanco 'Océanos', en particular el desafío "Océanos de Big Data e Inteligencia Artificial".

23.03.2021

 

El Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC) ha publicado dos libros blancos abiertos que recogen los retos científicos de la próxima década, con el objetivo de ampliar el conocimiento sobre la evolución y la genómica. Estas son las dos primeras entregas de los 14 libros blancos del CSIC que recogen las temáticas estratégicas del organismo para centrar la investigación en los grandes retos de la próxima década en las áreas de biología, salud, cerebro, energía, espacio, cambio climático y sociedad global, entre otros.

Los dos volúmenes están publicados en inglés a través de la Editorial CSIC y están disponibles en acceso abierto en este sitio webEl resto de títulos de la colección se publicarán en los próximos meses.

El libro blanco 'Orígenes, (Co) Evolución, Diversidad y Síntesis de la Vida', aborda la aparición de la vida y su diversificación hasta la biología actual. Coordinado por los investigadores Paola Bovolenta , Miguel Manzanares y Javier Buceta , ha contado con la participación de varios investigadores del IBE  Carles Lalueza- Fox como coordinador del desafío 6 (Evolución Social y Humana) y Sergi Valverde como coordinador del desafío 5 (biología de los sistemas evolutivos). También han sido colaboradores de este libro Arcadi Navarro , Rosa Fernández , Tomàs Marquès-Bonet , Josefa González y Jesús Lozano.

Según los coordinadores del Libro Blanco, "desentrañar la evolución dará las claves sobre el origen de la vida y sobre los mecanismos moleculares que operan en los seres vivos y cómo cambian a través del tiempo". Cuando se comprendan estos mecanismos, se estará en disposición de combinar sus piezas de formas novedosas, abriendo el camino hacia la biología sintética. Este volumen resume el conocimiento actual sobre esta área y las futuras líneas de investigación.

También los investigadores del IBE Daniel Richter y Javier del Campo han contribuido al Libro Blanco 'Océanos', en particular al octavo desafío: Océanos de Big Data e Inteligencia Artificial.

Precisamente, los 14 libros blancos del CSIC son el resultado de la colaboración de cerca de 1.100 investigadores de más de 100 centros de investigación del CSIC y otras instituciones, como organismos públicos de investigación y universidades. Todos coinciden en la necesidad de un enfoque multidisciplinar y en la promoción de la investigación colaborativa para desarrollar proyectos ambiciosos centrados en retos específicos.

Los 14 volúmenes, coordinados desde la vicepresidencia de Investigación Científica y Técnica, tienen el objetivo de servir como marco de referencia para el desarrollo de la estrategia científica de la institución y proporcionan un repaso a la investigación en marcha en el CSIC. Finalmente, constituyen una visión global de los desafíos científicos clave de la próxima década. 

 

Más información:

Descarga los libros abiertos publicados aquí.

Mira aquí la ceremonia de presentación de los libros blancos.

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