La Universitat Pompeu Fabra està organitzada en vuit departaments i quatre instituts universitaris de recerca; té tres centres de recerca adscrits (Barcelona Graduate School of Economics, Centre de Regulació Genòmica i Institut Municipal d'Investigació Mèdica), un d'interuniversitari (Institut Barcelona d'Estudis Internacionals), centres de recerca participats, centres de recerca amb el CSIC i centres vinculats.
Departaments
- Departament d'Economia i Empresa
- Departament d'Humanitats
- Departament de Ciències Experimentals i de la Salut
- Departament de Ciències Polítiques i Socials
- Departament de Comunicació
- Departament de Dret
- Departament de Tecnologies de la Informació i les Comunicacions
- Departament de Traducció i Ciències del Llenguatge
Instituts universitaris i centres de recerca
- Institut Universitari de Cultura (IUC)
- Institut Universitari de Lingüística Aplicada (IULA)
- Institut Universitari d'Història Jaume Vicens i Vives (IUHJVV)
- Barcelona Graduate School of Economics (BGSE) (adscrit)
- Centre de Regulació Genòmica (CRG) (adscrit)
- Institut Barcelona d'Estudis Internacionals (IBEI) (interuniversitari)
- Institut Municipal d'Investigació Mèdica (IMIM) (adscrit)