La Universitat Pompeu Fabra està organizada en ocho departamentos y cuatro institutos universitarios de investigación; tiene tres centros de investigación adscritos (Barcelona Graduate School of Economics, Centro de Regulación Genómica e Instituto Municipal de Investigación Médica), uno de interuniversitario (Instituto Barcelona de Estudios Internacionales), centros de investigación participados, centros de investigación con el CSIC y centros vinculados.
Departamentos
- Departamento de Economía y Empresa
- Departamento de Humanidades
- Departamento de Ciencias Experimentales y de la Salud
- Departamento de Ciencias Políticas y Sociales
- Departamento de Comunicacón
- Departamento de Derecho
- Departamento de Tecnologías de la Información y las Comunicaciones
- Departamento de Traducción y Cièncias del Lenguaje
Institutos universitarios y centros de investigación
- Instituto Universitario de Cultura (IUC)
- Instituto Universitario de Lingüística Aplicada (IULA)
- Instituto Universitario de Historia Jaume Vicens i Vives (IUHJVV)
- Barcelona Graduate School of Economics (BGSE) (adscrito)
- Centro de Regulación Genómica (CRG) (adscrito)
- Instituto Barcelona de Estudios Internacionales (IBEI) (interuniversitario)
- Instituto Municipal de Investigación Médica (IMIM) (adscrito)