El Campus del Mar disposa d'una estructura administrativa que té per funcions assegurar el correcte funcionament dels espais i dels equipaments del campus; garantir el suport administratiu i logístic a les activitats acadèmiques, institucionals i de gestió que s'hi porten a terme; garantir la realització i el control de les actuacions administratives relatives als moviments econòmics i pressupostaris del campus i aquelles que li puguin ser assignades en matèria de competència dels serveis centrals. Aquesta estructura és assimilada a servei i depèn del gerent. De la directora del Campus depenen les seccions de l'apartat següent i les secretaries de centre, departament i instituts universitaris de recerca del Campus del Mar.

El Campus s'estructura en les seccions següents:

Secció de Gestió Econòmica
Secció de Serveis Generals