454/Roche GS Junior
El nostre seqüenciador de segona generació o NGS genera 70 000 -100 000 lectures d'aproximadament 400 parells de bases de mitja per carrera. L'equip GS Junior ofereix una gran varietat d'aplicacions: seqüenciació de transcriptomes produint 40 Mb de resultat,seqüenciació de genomes de novo (bacterià, viral, de fongs petits, BACS múltiples i plàsmids), reseqüenciació dirigida (targeted resequencing, ideal per a la detecció de variants de freqüència baixa en mostres barrejades en pools d'ADN de virus o humans amb seqüènoces d'ADN afegiddes que s'usen com a codi de barres per identificar la mostra), seqüenciació dirigida usant tecnologies d'enriquiment de la mostra (capture or sample-enrichment technologies,quan es desitgen 40 Mb o menys), i caracterització metagenómica.
L'automatització dels passos intermitjos amb el sistema REMe junt al robot Biomek NX accelera l'execució del procés de tres dies que requereix una carrera. A més, controlem la qualitat de les mostres i les llibreries generades durant el nostre protocol amb xips Agilent en un equip Bioanalyzer. Aquest servei ofert pel servei de Genòmica de la UPF rep el suport del Centro Nacional de Genotipado (CeGen) durant l'any 2011. Més informació www.cegen.org .
|
|
|
Tecnologia Taqman Open Array
Disposem de la plataforma OpenArray® Real Time PCR System pel genotipat de SNPs (des de 16 fins a 256 SNPs) i expressió gènica (des de 18 fins 224 gens) per a un total de 800-7000 mostres amb un elevat "genotype call rate" i un disseny nanofluídic. Aquesta metodologia es beneficia de l'especificitat de les sondes Taqman® inventariades o "made-to-order" i de l'economia del reactiu SYBR Green I, segons esculli l'usuari. Hi ha disponibles panells predissenyats d'expressió de gens relacionats amb inflamació, malalties cardiovasculars, etc., panells de 758 microRNAs i panells de Finger Printing per a la traçabilitat de les mostres d'ADN amb l'anàlisi de 32 SNPs.
Properament oferirem el servei de PCR digital amb l'equip Open Array per a la quantificació absoluta d'ADN, experiments de single cell (càrrega viral, identificació de les cèl·lules tumorals en sang, etc.), quantificació de llibreries de NGS i copy number variants.
A més, el sistema Accufill® de càrrega d'arrays fa que la seva preparació sigui més ràpida i senzilla. La qualitat de les mostres d'ADN y cDNA es controla amb arrays analitzats amb la mateixa metodologia OpenArray. Les longituds d'ona del sistema de LEDs són compatibles amb TaqMan® FAMTM, SYBR® Green I, ROXTM i VIC®.
El software permet l'anàlisi simultani de plaques Open Array®en un únic projecte i el servei ofereix opcionalment la possibilitat de l'anàlisi final de dades.
Per assajos d'expressió gènica, contacteu genomica@upf.edu . Els assajos de genotipat oferts pel servei de Genòmica de la UPF reben el suport del Centro Nacional de Genotipado (CEGEN) durant l'any 2011. Més informació www.cegen.org i LifeTechnologies.
|
|
|
|
|
|
|
 |
Seqüenciadors de capil·lars
Oferim el servei dels analitzadors d'ADN 3730 xl i 3130 xl per carreres simultànies de 96 i 16 capil·lars, idonis per seqüenciació Sanger i anàlisi de fragments. Fins a 960 i 512 seqüències/dia, respectivament, en un rang de 800-1000 parells de bases. Resultats en un o dos dies laborables. Consulteu la nostra normativa de l'usuari per la seqüenciació Sanger i l'anàlisi de fragments, i les seves tarifes.
|
|
|
|
|
|
PCR a temps real
Amb els nostres dos equips ABI 7900HT (Applied Biosystems) i dos equips LightCycler (Roche) oferim una àmplia varietat d'assajos, com PCR a temps real en format de 384 pous o Arrays de Baixa Densitat Taqman (TLDA, previament coneguts com a microfluidic cards) per quantificació absoluta i relativa d'àcids nucleics, melting d'alta resolució i genotipat de SNPs de baixa productivitat. Els nostres usuaris reserven i usen aquests equips ells sols. Consulta la normativa d'usuari i les tarifes.
|
|
|
|
|
Quantificació d'ADN I ARN
Oferim el Fluorometre QuantiFluor ST i la Plataforma de Detecció Paradigm (Beckman) per a la quantificació d'ADN amb Picogreen i el Bioanalyzer (Agilent) per a la quantificació i control de la qualitat de cDNA i RNA. Consulteu la normativa d'usuari i tarifes.
|
|
 |
Robots
Els nostres robots Beckman Biomek FX, Biomek NX i sistema REMe agilitzen els passos intermitjos dels processos d'ultraseqüenciació i sequenciació Sanger. Aquests equips automatizen els processos de: plaqueig de ADN, dispensació de reactiu, preparació de plaques de PCR i de replicats de les mateixes i purificació dels productes de PCR i de reacció de seqüència en plaques (Milipore). Consulteu les nostres tarifes.
