Secuenciadores de capilares: 3730 xl y 3130 xl
454/Roche GS Junior
Un secuenciador de segunda generación produce 70 000 - 100 000 lecturas de unas 400 pb de media. Con el GS Junior se ofrecen una gran variedad de aplicaciones: secuenciación de transcriptomas con 40 Mb resultantes, secuenciación de genomas de novo (bacteriana, viral, de hongos pequeños, BACS múltiples y plasmidos), resecuenciación dirigida (targeted resequencing, ideal para detección de variantes de frecuencia baja en muestras mezcladas en pools de DNA de virus o humano con secuencias de ADN añadidas que se usan como código de barras para identificar la muestra), secuenciación dirigida usando tecnologías de enriquecimiento de la muestra (capture or sample-enrichment technologies, cuando se precisan 40 Mb o menos) y caracterización metagenómica.
La automatización de los pasos intermedios con el sistema REMe junto al robot Biomek NX acelera la ejecución del proceso de tres días que requiere una carrera. Además, controlamos la calidad de las muestras y las librerías generadas durant nuestro protocolo con chips Agilent en un equipo Bioanalyzer. Este servicio ofrecido por el Servicio de Genómica de la UPF recibe el soporte del Centro Nacional de Genotipado (CEGEN) durante el 2011. Más información www.cegen.org .
 |
 |
Tecnología Taqman Open Array
Disponemos de la plataforma OpenArray® Real Time PCR System para genotipado de SNPs (desde 16 hasta 256 SNPs) y expresión génica (desde 18 hasta 224 genes) para un total de entre 800 y 7000 muestras con un elevado "genotype call rate" y un diseño nanofluídico. Esta metodología se beneficia de la especificidad de las sondas Taqman® inventariadas o "made-to-order" y de la economía del reactivo SYBR Green I, según escoja el usuario. Están disponibles paneles prediseñados de expresión de genes relacionados con inflamación, enfermedades cardiovasuclares, etc., paneles de 758 microRNAs y paneles de Finger Printing para la trazabilidad de muestras de ADN con el análisis de 32 SNPs.
Próximamente ofreceremos el servicio de PCR digital con el equipo Open Array para la cuantificación absoluta de ADN, experimentos de single cell (carga viral, identificación de células tumorales en sangre, etc.), cuantificación de librerías de NGS y copy number variants.
Además el sistema Accufill® de carga de arrays hace que su preparación sea más rápida y sencilla. La calidad de las muestras de ADN y cDNA se controla con arrays analizados con la misma metodología OpenArray. Las longitudes de onda del sistema de LEDs son compatibles con TaqMan® FAMTM, SYBR® Green I, ROXTM, y VIC®.
El software permite el análisis simultaneo de las placas Open Array® en un único proyecto y el servicio ofrece opcionalmente la posibilidad del análisis final de datos.
Para ensayos de expresión génica, contactar con genomica@upf.edu . Los ensayos de genotipado ofrecidos por el Servicio de Genómica de la UPF reciben el soporte del Centro Nacional de Genotipado (CeGen) durante el 2011. Más información www.cegen.org y LifeTechnologies.
 |
 |
 |
 |
|
Secuenciadores de capilares
Analitzadores de ADN 3730 xl y 3130 xl para carreras simultáneas de 96 y 16 capilares. Idóneos para secuenciación Sanger y análisis de fragmentos. Hasta 960 y 512 secuencias/día, respectivamente, en un rango de 800-1000 pares de bases. Resultados en uno o dos días laborables. Consulte nuestra normativa del usuario para la secuenciación Sanger y el análisis de fragmentos y sus tarifas.
 |
|
 |
|
PCR a tiempo real
Con nuestros dos equipos ABI 7900HT (Applied Biosystems) y dos equipos LightCycler (Roche) ofrecemos una amplia variedad de ensayos, como PCR a tiempo real en formato de 384 pocillos o Arrays de Baja Densidad Taqman (TLDA, previamente conocidos como microfluidic cards) para la cuantificación absoluta y relativa de ácidos nucleicos, melting de alta resolución y genotipado de SNPs de baja productividad. Nuestros usuarios reservan y usan estos equipos ellos solos. Consulte la normativa del usuario y las tarifas.
|
|
 |
 |
Top
Cuantificación de ADN y ARN
Usamos el Fluorometre QuantiFluor ST y la Plataforma de Detección Paradigm (Beckman) para la cuantificación de ADN con Picogreen, el Bioanalyzer (Agilent) para la cuantificación y control de la calidad de cDNA y RNA. Consulte la normativa del usuario y tarifas.
 |
 |
 |
Robots
Nuestros robots Beckman Biomek FX, Biomek NX y sistema REMe agilizan los pasos intermedios de los procesos de ultrasecuenciación y secuenciación Sanger. Estos equipos automatizan los procesos de: plaqueo de ADN, dispensación de reactivo, preparación de placas de PCR y de replicados de las mismas, y purificación del producto de PCR y de la reacción de secuencia en placas (Milipore). Consulte nuestras tarifas.
 |
 |
 |
.
