Hi ha poques evidències directes de la principal llengua de docència utilitzada, però el predomini de l'eslovac sembla inqüestionable. La segona llengua, amb graus diversos d'importància segons la universitat, és l'anglès (la University of Veterinary Medicine, per exemple, ofereix estudis paral·lels en eslovac i en anglès), tot i que l'alemany sembla que manté una certa presència. En termes generals, sembla que les universitats eslovaques ofereixen un nombre creixent de cursos en llengua anglesa adreçats als estudiants estrangers. El txec, la llengua majoritària de l'estat al qual pertanyia el país fins fa ben pocs anys, sembla que no té cap mena de presència en les universitats eslovaques. A la Slovenská Technická Univerzita s'ofereixen uns cursos d'Eslovac per a Usos Acadèmics que els estudiants estrangers han de cursar abans d'inscriure's en el curs triat o bé paral·lelament a aquest; l'estudi de l'eslovac també és un requisit per als estudiants estrangers en el cas de la Technical University in Zvolen. D'altra banda, a la Univerzita Komenskeho, a més de cursos d'eslovac s'ofereixen alguns cursos en anglès per als estudiants estrangers. A la pàgina de la Facultat de Ciències de la Univerzita Pavla Jozefa Safárika es diu que els estudiants han de tenir un nivell suficient de llengua anglesa. Les pàgines principals són pràcticament totes en eslovac. No es dóna cap indicació de les llengües que s'utilitzen en les bibliografies de curs.