15/11/07

Amb un pen drive i una PlayStation3 es realitzen càlculs biomèdics computacionals

Investigadors de la Unitat de Recerca en Informàtica Biomèdica (GRIB) de la UPF-IMIM, han ideat una sorprenent i revolucionària iniciativa computacional, l'anomenada plataforma www.ps3grid.net dins del projecte PS3GRID, que permetrà a qui estigui interessat en participar, posar la pròpia consola de videojocs a disposició de la recerca internacional d'alt nivell. El projecte està coordinat per Gianni De Fabritiis, investigador del GRIB (UPF-IMIM) i del CEXS, amb la col·laboració de Jordi Villà i Giovanni Giupponi, investigadors del Laboratori de Bioquímica i Biofísica Computacional del GRIB, així com també la participació de Matt Harvey, investigador de l'Imperial College de Londres.

La simulació del comportament de biomolècules de dimensions microscòpiques és d'una enorme dificultat a l'hora de dissenyar algoritmes i arquitectures d'anàlisis, fins i tot pels més moderns ordinadors. La física elemental que hi ha darrera de les reaccions enzimàtiques, l'estructura terciària de les proteïnes o la conductivitat dels ions a través de les membranes biològiques, entre altres molts processos biològics, s'està començant a entendre amb tot el seu significat. Per tant, la capacitat de càlcul és essencial per resoldre el funcionament de sistemes biològics d'alta complexitat. Els investigadors del projecte han manifestat que tot això és possible gràcies a la utilització del potent processador Cell, que inclou la recent comercialitzada PlayStation3, i del software CellMD amb capacitat per funcionar a una velocitat de processament superior a la de setze ordinadors convencionals. Comenta De Fabritiis, que "la unió de la força computacional de las PS3 aconsegueix les prestacions d'un potent superordinador donat que en aquests moments hi ha en el món 3 milions de consoles PS3". Afegeix l'investigador que, " la capacitat de càlcul de 100 consoles equivaldrien a milers d'ordinadors convencionals ".

Com participar en el projecte

En només uns segons, i amb un pen drive d'1 Gbyte, es pot carregar el sistema operatiu Linux Live a la Playstation 3 i el software PS3GRID. La Playstation 3 es connectarà al servidor PS3GRID, això permetrà descarregar el treball a realitzar, es a dir, els càlculs científics en els quals es participarà. Això permet fer càlculs moleculars a una velocitat 16 vegades superior a la d'un PC normal. Per tornar al menu de jocs de la Playstation 3, simplement cal reiniciar-la de nou. Aamb la utilització del pen drive com a suport principal, s'ha simplificat significativament el procés per a tots aquells interessats en col.laborar-hi.

Des de fa uns mesos el projecte ja està en funcionament. De moment, el grup d'investigadors compta amb unes 130 màquines connectades, totes elles ubicades fora d'Espanya. Tot aquell que estigui interessat en cedir una part del temps computacional de la seva Playstation3 a la ciència, simplement cal que es descarregui a un pen drive d'un Gbyte el programa des de la web http://www.ps3grid.net/live i l'inserti a la seva Playstation 3.

Altres e-notícies relacionades

La PlayStation3 entra en l'àmbit de la recerca biomèdica