|
09/12/04
La seqüenciació del genoma de la gallina
permet comprendre millor l'evolució dels vertebrats
 El
Grup de Recerca en Informàtica
Biomèdica (GRIB), integrat per investigadors de l'Institut Municipal
d'Investigació Mèdica (IMIM), de la Universitat Pompeu Fabra
(UPF) i del Centre de Regulació Genòmica (CRG), és l'únic grup espanyol
d'investigadors que ha participat en aquest projecte científic,
els resultats del qual es faran públics en l'article "Sequence and
comparative analysis of the chicken genome provide unique perspectives
on vertebrate evolution", que s'ha publicat a la revista Nature.
La seqüenciació, anàlisi i desxiframent
d'aquest genoma ha anat a càrrec del Consorci Internacional de Seqüenciació
del Genoma de la Gallina (CISGG), format per prop de cinquanta
centres i laboratoris de recerca de tot el món. La investigació
s'ha dut a terme al Centre de Seqüenciació de Genomes de la Universitat
de Washington, a San Luis (EEUU).
La participació del grup espanyol, dirigit
per Roderic Guigó i format pels investigadors Eduardo Eyras,
Robert Castelo, Josep Francesc Abril, Sergi Castellano, Francisco
Cámara i Genís Parra, ha consistit en tres aportacions concretes
al projecte:
- S'ha pogut identificar un conjunt
de gens del genoma de la gallina gràcies al programa SGP2,
potent eina informàtica desenvolupada pel GRIB.
- S'ha dut a terme una anàlisi comparatiu
dels genomes humà, de ratolí, de rata i de gallina.
- S'ha
posat especial atenció en la recerca dels gens humans que també
estant presents en la seqüència genòmica de la gallina els quals
estaven absents de les bases de dades disponibles fins al moment.
Es tracta del primer genoma d'au
seqüenciat, i la seva posició estratègica en l'arbre evolutiu, entre
mamífers i peixos, el converteix en una font d'informació única
per a l'estudi de l'evolució dels vertebrats. Les aus pertanyen
al grup dels arcosauromorfos que inclou també als cocodrils i als
dinosaures. Per tant, ens trobem davant de la seqüència genòmica
analitzada que més ens apropa als dinosaures.
L'espècie de gallina utilitzada ha estat
la raça asiàtica "Red Jungle Fowl" (Gallus gallus), considerada
ja per Charles Darwin (1809-1882) i, segons han confirmat més tard
els moderns estudis genètics, l'espècie original de gallina
de la qual descendeixen tots els tipus de gallines domèstiques.
El seu genoma, que consta de 39 parells de cromosomes, s'ha
obtingut d'un espècimen de femella. La gallina ha estat un model
animal important en embriologia i en l'estudi del desenvolupament
dels vertebrats. A l'any 1621 es van publicar ja els primers tractats
descriptius del desenvolupament de l'ou i, en l'actualitat, la gallina
ha jugat també un paper important en l'estudi dels virus i del
càncer: el primer virus oncogènic va ser identificat en gallina.
La seqüència genòmica d'aquesta espècie, juntament amb totes les
anàlisis que es presenten a l'article de Nature, afegeix
una valuosa informació en genètica d'aus.
A més de servir d'animal model per estudiar
al voltant de 9600 espècies d'aus actuals, en el context de la interacció
amb l'home i el medi ambient, aquesta au domèstica té una gran importància
per a la indústria agroalimentària, per la qual cosa l'Institut
Nacional d'Investigació del Genoma Humà dels Estats Units va decidir
prioritzar l'estudi del seu genoma par davant d'altres animals
de granja com per exemple el porc o la vaca.
D'altra banda, l'estudi comparatiu dels
genomes de diferents espècies obre una nova i interessant línia
de recerca que podrà dur-nos a descobrir molts aspectes, fins al
moment desconeguts, de la biologia humana i la medicina.
En efecte, mitjançant l'estudi comparatiu del genoma del pollastre
amb el dels mamífers seqüenciats fins al moment (rata, ratolí, home),
s'han pogut identificar seqüències que, tot i que no 'expressen'
per a cap proteïna específica, tenen una presència constant tant
en aus com en mamífers. Són les anomenades "seqüències conservades"
i representen fragments de genoma preservats durant mil·lennis,
presents abans de la separació dels mamífers fa uns 310 milions
d'anys. Aquests tipus d'estudis permeten distingir aspectes
ancestrals dels mamífers, així com d'altres desenvolupats per aquests
gràcies a la innovació i a l'adaptació.
Anteriorment, alguns membres d'aquest
equip d'investigadors del GRIB havien ja participat en les etapes
finals de l'anàlisi dels genomes de la mosca del vinagre, del mosquit
de la malària i de l'home, concretament, en la visualització
dels mapes amb les diferents anotacions dels gens. Tanmateix
han format part dels consorcis internacionals que han dut a terme
l'anàlisi dels genomes del fong Dictyostelium, del ratolí
i de la rata de laboratori, del peix globus, obtenint les localitzacions
dels gens codificats en les seqüències dels seus cromosomes.
Més informació:
La
seqüenciació del genoma del peix globus aporta noves dades sobre
l'evolució dels vertebrats
Científics
de la UPF, l'IMIM i el CRG participen en la seqüenciació del genoma
de la rata
L'home
i el ratolí comparteixen el 99% dels gens
Biòlegs
catalans desenvolupen un software específic que permet visualitzar
la seqüència completa del genoma humà
|
