25/10/04

Science dedica un número especial al projecte de recerca genòmica ENCODE

El projecte internacional ENCODE, acrònim d'ENCiclopedia Of DNA Elements, en el qual participa el Grup d'Investigació en Informàtica Biomèdica de l'IMIM-UPF-CRG liderat per Roderic Guigó, ha estat notícia en un número especial que li ha dedicat recentment la revista Science.

La fase pilot del projecte es va iniciar l'any 2003 amb l'objectiu principal d'identificar dins del genoma humà les parts que eren funcionals. Per assolir aquest objectiu va ser essencial desenvolupar eines informàtiques capaces de fer aproximacions predictives experimentals. Va ser ja en aquesta fase inicial que el GRIB es va incorporar al consorci internacional que impulsa el projecte.

Els investigadors estan comparant fragments del genoma humà amb el d'altres genomes de vertebrats coneguts: ratolí, rata, gos, pollastre, vaca, ximpanzé, macacos, granota i peix globus, per tal d'establir relacions filogenètiques entre aquestes espècies i veure què tenen en comú totes elles o, al contrari, com han evolucionat, en què han divergit al llarg del temps.

En el projecte ENCODE s'està treballant en 44 regions diferents del genoma humà, és a dir en l'1% del total. Aquests fragments han estat especialment seleccionats per presentar gens o zones funcionals i també perquè poden ser comparats amb seqüències d'altres genomes coneguts. En la fase pilot, cadascun dels equips d'investigadors que hi participen ho fan des de diferents aproximacions, per tal de comparar més tard els resultats obtinguts. A més, ENCODE s'està coordinant amb d'altres projectes en marxa com el Mammalian Gene Collection (MGC) o l'International HapMap Project.

Un cop seqüenciat el genoma humà, ENCODE pot jugar un paper decisiu en les subsegüents fases de la investigació del genoma definint la millor manera d'identificar els seus elements funcionals, la qual cosa constitueix el seu objectiu principal.