31/03/04

// Científics de la UPF, l'IMIM i el CRG participen en la seqüenciació del genoma de la rata

El consorci del Projecte de Seqüenciació del Genoma de la Rata, al qual pertany un equip de bioinformàtics dirigits per Roderic Guigó, ha desxifrat i analitzat la seqüència del genoma de la rata Brown Norway. Aquest animal de laboratori ha esdevingut un model molt important tant en l’aprenentatge de la fisiologia humana com de les seves malalties. Actualment s’utilitza per fer recerca en cirurgia, en trasplantaments, en càncer, diabetis, regeneració neuronal etc. Els resultats de la investigació els publicarà la revista Nature, a partir de l'1 d'abril.

L’equip de bioinformàtics que hi ha participat està adscrit al Grup de Recerca en Informàtica Biomèdica i està format per Roderic Guigó, investigador de l’IMIM i del CRG, i professor de la UPF; Josep F. Abril i Francisco Câmara, investigadors de l’IMIM, i Mar Albà i Eduardo Eyras, professors de la UPF.

Aspectes més rellevants de l'estudi

Una de les conseqüències més importants de conèixer la totalitat del genoma de la rata, és que ara es poden comparar els gens relacionats amb determinades malalties que es troben en la rata i també en l'home. Ara es possible investigar aquestes malalties fent servir com a model un animal com la rata, que és més fàcil de manipular en el laboratori que, per exemple, el ximpanzé.

El número total de gens en els tres genomes (rata, ratolí, home) és similar, perquè tots els mamífers tenen un número molt semblant de gens, de 28.000 a 30.000. Per això, no és d'estranyar que en la rata, ratolí i home, hi hagi un 90 % de coincidència en el genoma que produeix proteïnes.

En algunes malalties neurodegeneratives s'han trobat proteïnes que contenen zones repetides de l'aminoàcid "glutamina". Els investigadors de l'estudi han comparat, en les tres espècies, aquest tipus de proteïna per entendre millor els seus mecanismes evolutius.

S'han pogut determinar per primer cop quines són les principals diferències entre els tres genomes. Els gens específics de la rata, és a dir que només es troben en aquest animal, són aquells que estan relacionats amb les funcions olfactives, del sistema immunitari o d'eliminació de toxines. S'ha confirmat que la taxa de mutacions en la branca evolutiva dels rosegadors és tres vegades més alta que en la branca dels humans.

Els investigadors afirmen que "entendre millor aquestes regions ens permetrà generar models més reals per emprar-los en els programes de predicció de gens i obtenir millors resultats".

Referents mundials en bioinformàtica del genoma

Anterioment, l'equip del Dr. Roderic Guigó, ha participat també en les etapes finals de l'anàlisi dels genomes de la mosca del vinagre, del mosquit de la malària i del genoma humà, en concret en la visualització dels mapes amb les diferents anotacions dels gens. Dintre del mateix camp, també ha format part dels consorcis internacionals que han dut a terme l'anàlisi dels genomes del fong Dictyostelium i del ratolí, obtenint les localitzacions dels gens codificats en les seqüències dels seus cromosomes.