El objetivo de los estudios de doctorado es la formación avanzada del estudiante en técnicas de investigación, que debe incluir la elaboración y presentación de una tesis doctoral, consistente en un trabajo original de investigación. La Universidad Pompeu Fabra ofrece una serie de programas de doctorado cuyos objetivos concretos son: formar investigadores y preparar equipos de investigación que puedan afrontar con éxito el reto que suponen las nuevas ciencias, técnicas y metodologías; impulsar la formación del profesorado, y perfeccionar el desarrollo profesional, científico, técnico y artístico de los titulados superiores.
En el doctorado, el estudiante debe empezar a elaborar un trabajo original en el marco de una de las líneas de investigación del departamento o instituto universitario que organiza el programa, de acuerdo con la materia obligatoria del doctorado Defensa del Proyecto de Tesis (5 créditos). Algunos programas de doctorado ofrecen otras materias formativas, como seminarios, conferencias y otras actividades académicas, que comportan una carga lectiva añadida a los 5 créditos obligatorios de la materia Defensa del Proyecto de Tesis. Una vez superada la materia Defensa del Proyecto de Tesis, el doctorando deberá inscribir su proyecto de tesis en el registro de la Universidad.
La duración máxima prevista del período de formación del doctorado es de un año. En este año, el estudiante deberá superar la materia obligatoria Defensa del Proyecto de Tesis y, en su caso, los créditos de los cursos y seminarios correspondientes. Si el estudiante no supera el 50% de los créditos del programa, puede presentarse a una segunda convocatoria de evaluación que tiene lugar al año siguiente al del inicio del doctorado. Una vez inscrito, el plazo para presentar la tesis (depósito definitivo de la tesis) es de tres años (en caso de dedicación parcial, este plazo puede ampliarse hasta los seis años).
Al inicio de los estudios de doctorado, una vez formalizada la matrícula y superada la materia Defensa del Proyecto de Tesis, la organización del doctorado asignará al doctorando un director de tesis doctoral, según la línea de investigación a la que pertenezca el proyecto. El director de tesis doctoral quedará asignado definitivamente con la inscripción del proyecto en el registro de la Universidad. A lo largo del período de elaboración de la tesis, y si así lo requiere el curso de la investigación, el doctorando puede cambiar de director, pedir una codirección de tesis o, incluso, solicitar un director externo a la Universidad, siempre y cuando el cambio sea motivado y debidamente autorizado por la Universidad.