La Universitat Pompeu Fabra està organizada en ocho departamentos y cuatro institutos universitarios de investigación; tiene tres centros de investigación adscritos (Barcelona Graduate School of Economics, Centro de Regulación Genómica e Instituto Municipal de Investigación Médica), uno de interuniversitario (Instituto Barcelona de Estudios Internacionales), centros de investigación participados, centros de investigación con el CSIC y centros vinculados.